أجري الاتحاد المصري لكرة القدم قرعة الدوري الممتاز المصري لموسم 2012/ 2013 مرة أخري بعد اتجاه داخل مجلس الإدارة بإقامة الدوري علي مجموعتين . وتبين أن الأهلي سيكون علي رأس أحد المجموعتين سيكون من ضمنهم أندية الإسكندرية بينما سيكون علي رأس المجموعة الثانية نادي الزمالك الذي سيكون من ضمن فرقها أندية القناة وذلك تفاديا للمشاكل الجماهيرية بين أندية القناة والنادي الأهلي. وضمت المجموعة الأولي أندية الأهلي وانبي واتحاد الشرطة والإنتاج الحربي والاتحاد السكندري وسموحة ومصر المقاصة والجونة ووادي دجلة. علي الجانب الأخر ضمت المجموعة الثانية كلا من الزمالك والاسماعيلي وحرس الحدود وبتروجيت وطلائع الجيش وتليفونات بني سويف وغزل المحلة والداخلية والمقاولون . يحدد بطل الدوري عن طريق تأهل الأول والثاني من كل مجموعة للدور النهائي للعب بنظام الدوري فيما تحدد الفرق الثلاثة الهابطة عبر لعب دوري بين الفريقين الأخيريين من كل مجموعة مع بقاء بطل هذه المجموعة في دوري الموسم المقبل وهبوط الثلاثة فرق الأخري لدوري الدرجة الثانية.