أجري الاتحاد المصري لكرة القدم قرعة الدوري الممتاز المصري لموسم 2012/ 2013 مرة أخري بعد اتجاه داخل مجلس الإدارة بإقامة الدوري علي مجموعتين . ذكر مراسل korabia.com أن الأهلي سيكون علي رأس أحد المجموعتين سيكون من ضمنهم أندية الإسكندرية بينما سيكون علي رأس المجموعة الثانية نادي الزمالك الذي سيكون من ضمن فرقها أندية القناة وذلك تفاديا للمشاكل الجماهيرية بين أندية القناة والنادي الأهلي. ضمت المجموعة الأولي أندية الأهلي وانبي واتحاد الشرطة والإنتاج الحربي والاتحاد السكندري وسموحة ومصر المقاصة والجونة ووادي دجلة. علي الجانب الأخر ضمت المجموعة الثانية كلا من الزمالك والاسماعيلي وحرس الحدود وبتروجيت وطلائع الجيش وتليفونات بني سويف وغزل المحلة والداخلية والمقاولون . يحدد بطل الدوري عن طريق تأهل الأول والثاني من كل مجموعة للدور النهائي للعب بنظام الدوري في تحدد الثلاثة فرق الهابطة عبر لعب دوري بين الفريقين الأخيريين من كل مجموعة مع بقاء بطل هذه المجموعة في دوري الموسم المقبل وهبوط الثلاثة فرق الأخري لدوري الدرجة الثانية.