من بين أهم الثروات الطبيعية النادرة التي تتمتع بها محافظة البحر الأحمر المحميات الطبيعية ذات الثراء الفريد في مكوناتها من الحيوانات والطيور والحشائش النادرة والتي تعد في مجملها كنزا سياحيا استراتيجيا تمتد منافعه السياحية علي مدي القرون البعيدة في حال الحفاظ علي ما تحتويه هذه المحميات من ثروات والعمل علي تنميتها. ومن بين أهم المحميات الطبيعية محمية جبل علبة التي تبلغ مساحتها نحو53 ألف كيلومتر مربع والتي تمتد إلي حدودنا مع السودان ومحمية وادي الجمال وهذه المحميات تقع جميعها في الجزء الجنوبي للمحافظة ما بين مرسي علم حتي حدود مصر الجنوبية مع السودان علاوة علي محمية الجزر الشمالية التي تبدأ من منطقة الأشرفي وحتي الغردقة وتحتوي المحميات الجنوبية علي تنوع بيولوجي فريد من بينه النباتات الاستوائية مثل الأكاشيا والأنبط علاوة علي بعض الحيوانات النادرة مثل الماعز الجبلي والغزال المصري والضباع وأنواع نادرة من الطيور مثل الرخمة المصرية والنسور وغيرها. وتحتوي محميات البحر الأحمر علي أنواع مهددة بالانقراض مثل السلاحف والقروش البحرية وكل هذه المكونات تمثل ركيزة أساسية لحركة الجذب السياحي بجانب أنها تعد تراثا حضاريا وإنسانيا, ولكن هذه المحميات تحيط بها عدة مشكلات لابد من إيجاد حلول لها حتي تظل هذه المحميات منتجا سياحيا مستديما للأجيال القادمة. بداية يقول الدكتور محمود حنفي مستشار محافظة البحر الأحمر لقطاع البيئة والمحميات ان أخطر مشكلة تواجه هذه المحميات هي عملية التعدي علي مساحات من أراضيها مثل القيام بتخصيص أراض داخل تلك المحميات الطبيعية لإقامة منتجعات سياحية عليها حيث ان هيئة التنمية السياحية سبق لها القيام بتخصيص أراض لبعض المستثمرين داخل محمية وادي الجمال وذلك منذ عدة سنوات وهذا خطأ جسيم يجب عدم تكراره تحت أي ظروف كان لأن هذه المنطقة معلنة كمحمية طبيعية ومنتزه قومي طبقا للتصنيف العالمي ولا يحق لفرد أو جماعة أو طائفة الاستئثار بها كما أن المحميات تعاني من نقص التمويل اللازم لإدارتها فعلي الرغم من وجود أفراد مدربين وذوي كفاءة للإشراف علي هذه المحميات إلا أن أعدادهم غير كافية ونقص التمويل يعتبر من أهم معوقات الإدارة الناجحة حيث هناك تجاوزات ترتكب ضد الحيوانات والطيور النادرة بها تتمثل في عمليات الصيد الحائر. ويضيف أن هناك تضاربا كبيرا بين الجهات التنفيذية في أساليب استغلال وإدارة مثل هذه الثروات حيث إن المحميات لا يسمح لرجالها بإدارة هذا القطاع وليست لديهم سلطة في التعامل مع مخالفات الصيد الجائر فكثيرا ما تتدخل هيئة الثروة السمكية في عمليات الصيد الجائر علي أساس أنها الجهة المنوط بها تطبيق قانون الصيد رقم124 مع العلم أن جميع الجهات يجب أن تكون في مركب واحد للحفاظ علي هذه الثروات. وتعاني المحميات الاستخدام السياحي المفرط لمكوناتها فلابد من وضع خطة متكاملة تعتمد علي توفير العناصر البشرية اللازمة لإدارة تلك المحميات وتحديد جهة واحدة مسئولة عن إدارتها.
