يقع في منطقة مجمع الأديان بمصر القديمة, تلك المنطقة التي تضم مجموعة من الكنائس المسيحية الأثرية وجامع عمرو بن العاص بالإضافة لمعبد بن عزرا اليهودي, و المعبد كان في الأساس كنيسة تسمي( كنيسة الشماعين) و لكن الكنيسة الأرثوذكسية اضطرت لبيعها للطائفة اليهودية بسبب مرورها بضائقة مالية, و سمي المعبد بن عزرا نسبة إلي عزرا الكاتب أحد كبار أحبار اليهود, و في عام1890 م تم هدم المعبد وبناؤه بالكامل وفي عام1991 م قامت الحكومة المصرية بترميمه وإعادته لحالته الأصلية, يعرف المعبد أيضا باسم معبد الجنيزا, والجنيزا كلمة مشتقة من كلمة( الجنازة) باللغة العربية و هي عبارة عن أي أوراق أو وثائق مكتوب فيها اسم( الله) و بالتالي لا يجوز التخلص منها وفقا للعقيدة اليهودية و إنما يتم حفظها لأجيال في إحدي غرف المعبد حتي تصل لحجم كبير فيتم وضعها في تابوت خشبي وتقام جنازة ثم يتم دفنها, و قد ضم معبد بن عزرا مجموعة نادرة من هذه الوثائق تؤرخ لتاريخ اليهود في مصر لفترة طويلة.