أقام خالد علي، الحقوقى والمرشح السابق لرئاسة الجمهورية، دعوى قضائية ضد رئيس الجمهورية مطالبا بتعديل صيغة اليمين القانونية لرئيس وأفراد جهاز المخابرات العامة، وحذف عبارة "أن يكون ولائي كاملًا لرئيس الجمهورية ولجهاز المخابرات العامة". وطالب خالد فى الدعوى التى حملت رقم 3625 لسنة 67 قضائية بإعادة إجراءات حلف رئيس المخابرات لليمين القانونية مرة أخرى بعد تعديله، وجاء بصحيفة الطعن المقدم: "في 19 سبتمبر 2012 تم تعيين اللواء محمد رأفت شحاتة عبدالواحد رئيسًا لجهاز المخابرات العامة للدولة، وأثناء مراسم التكليف وحلف اليمن فوجئ الجميع بصيغة اليمين الذي سمعه المصريين لأول مرة، وهو: "أقسم بالله العظيم، وبكتابه هذا، أن أكون مخلصا لجمهورية مصر العربية، مؤمنا بمبادئها وأن أعمل جاهداَ على تحقيق أهدافها وخدمة شعبها، وأن يكون ولائي كاملًا لرئيس الجمهورية ولجهاز المخابرات العامة محافظًا على أسرار العمل في الجهاز وخارجه، متعاونًا مع رؤسائي ومرءوسي، مضحيًا بكل ما أملك لرفعة هذا الجهاز، محافظًا على سلامته بروحي ودمي، والله ولينا، وضميرنا وازعنا، والتفاني رائدنا، والكتمان وسيلتنا، والله على ما أقول شهيد". واعتبر المرشح السابق لانتخابات الرئاسة أن صياغة اليمين على هذا النحو تخالف القواعد القانونية والمبادئ الدستورية، فالولاء لا يكون للأشخاص مهما كانت مراكزهم ولا للأجهزة مهما كانت أدوارها، وإنما للوطن وللشعب مصدر السلطات. وأضاف: "إذا كان المشرع قد منح رئيس الجمهورية سلطة تحديد صيغة اليمين القانونية لأفراد المخابرات، فلا يجب أن يستغل هذه السلطة ويجعل ولاء أفرادها له، وإذا كان رئيس المخابرات بدرجة وزير ويعامل معاملة الوزراء فلا يجب أن يختلف اليمين القانونية التى يؤديها عن تلك التى يؤديها الوزراء إلا بالقدر الذى تختلف فيه طبيعة عملهم بما يؤدي للإخلاص في العمل والحفاظ على الأسرار دون أن يتجاوز ذلك إلى الولاء للأفراد أو الأشخاص".