قال التحالف المصرى لمراقبة الانتخابات أن انتخابات الجولة الثانية شهدت عددا من الانتهاكات والتجاوزات من قبيل تأخر فتح باب اللجان في بعض المحافظات، وكذا ممارسة الدعاية الانتخابية لصالح بعض الأحزاب منها الحرية والعدالة والنور السلفي والمحافظين والوفد والتنمية الإصلاح، واستخدام الرشاوى الانتخابية من قبل أنصار حزب النور، وبعض أعمال العنف والبلطجة في محافظتي بني سويفوالمنيا، والتأثير على الناخبين، فضلا عن بعض الأخطاء داخل اللجان. في محافظة المنيا، رصد التحالف بلجان 1067-1068 بمدرسة الباجور الابتدائية بمركز العدوة حدوث مشاجرات بين أنصار الحرية والعدالة وأنصار النور وأصيب على إثرها أحد أنصار الحرية والعدالة بجرح في الرأس، وفي لجنة مدرسة أم الأبطال بمركز أبو قرقاص حدثت مناوشات بين أنصار كل من الحرية والعدالة والنور السلفي. في لجان 1056-1059 بمدرسة الصفانية الابتدائية بمركز العدوة حدثت اشتباكات بين حزبي الحرية والعدالة وحزب النور، وفي لجنة 724 بمدرسة الصنايع بنين بمركز مغاغة حدثت مشادة بين قاضى اللجنة وأحد المرشحين على المقعد الفردي حينما حاول دخول اللجنة مع سيدة أمية فقام القاضي بطرده.