رغم أن عدد المستشفيات الجامعية وصل إلى أكثر من 72 مستشفى إلا أنها جميعا لم تحصل على أى معايير للجودة مما يسبب مشكلات للمرضى وأخطاء كبيرة نتيجة لعدم تطبيق القواعد الصحية الخاصة بالجودة ، ويجعلها خارج التصنيف العالمى ورغم وجود أطباء أكفاء الا أن عدم وجود أنظمة محددة للجودة أدى إلى تدهور النظام الصحى فى مصر، لعدم وجود جهة تجبر تلك المستشفيات على تطبيق معايير الجودة إلا بناء على طلب المستشفي. هناك مستشفيان فقط حصلا على المرحلة الاولى من الجودة وهما مستشفى النساء وأكاديمية القلب بطب عين شمس كما حصل مستشفى القلب على المرحلة الثانية من الجودة لتكون المستشفى الجامعى الوحيد الذى يحصل على الاعتماد لتطبيقه كل معايير الجودة. ويشير الدكتور محمد كمال رئيس لجنة اعتماد المستشفيات والمنشآت الصحية بمصر إلى أن المستشفيات يتم اعتمادها طبقا للمعايير الدولية لمنظمة الأسكوا والتى تحرص على الجودة وأمان المريض حيث ان هناك 27% من المعايير تهتم بأمان المريض، والمشكلة فى المستشفيات أنه لا يوجد قانون يجبر المستشفى على الحصول على الجودة ولكن قانون التأمين الصحى الجديد اشترط أن أى مستشفى لم يحصل على الجودة يكون خارج الخدمة المقدمة من خلاله، نظرا لأن الخدمة الطبية المقدمة فى المستشفيات الحاصلة على الجودة ستحقق للمريض أفضل رعاية طبية. ويؤكد الدكتور أحمد عبدالعزيز أستاذ جراحة القلب والصدر ومدير مستشفى أمراض وجراحات القلب أنه رغم أن العمل بالمستشفى بدأ منذ أربع سنوات فقط، تم خلالها تطبيق كل المعايير الطبية العالمية من خلال تنظيم العمل، ووضع قواعد للعلاقة بين الأطباء والمرضى والإداريين، بحيث يتم تقديم أفضل رعاية طبية للمرضى بالمجان. والمستشفى لم يتوقف نهائيا عن تقديم الخدمات الطبية للمرضى رغم ارتفاع سعر الدولار مما أدى إلى ارتفاع مستلزمات عمليات القلب، حيث تم اجراء أكثر من 3 آلاف عملية صدر وجراحة قلب وحوالى 3 آلاف قسطرة ما بين تشخيصية وعلاجية وقسطرة مخية سنويا، وحوالى 550 عملية قلب للأطفال، فنحن نستقبل الأطفال من عمر يوم ومخصص لهم غرف عمليات ورعاية مركزة وتمريض متخصص للتعامل مع الأطفال مختلفة عن وحدات الكبار ووصلت نسبة نجاح عمليات القلب المفتوح إلى 98% وهذه النسبة متوافقة مع المعدلات العالمية.