منذ استقلال دولة جنوب السودان عن الشمال حرصت مصر على حسن العلاقة ومتانتها مع دولتى السودان شمالها وجنوبها على السواء، وحدث تبادل زيارات بين مصر وجنوب السودان على مستوى عال، والاتفاق على مشروعات تعاون لصالح الشعبين، خاصة وأن علاقات مصر بالجنوب وأبنائه كانت قوية وطيبة عندما كانت السودان دولة واحدة، وقبل أن ينقسم إلى شمال وجنوب. وكانت دولة جنوب السودان قد قررت إجراء استفتاء شعبى للإنفصال عن الشمال، وجاءت نتيجته كاسحة بموافقة 98% من أبناء شعب جنوب السودان بالموافقة على الانفصال، والذى إعلنت نتيجته فى فبراير 2011، وتم الإعلان عن دولة جنوب السودان المستقلة فى 9 يوليو 2011 سارعت مصر إلى إعلان دعمها لدولة جنوب السودان والاعتراف بها دولة مستقلة، وإقامة علاقات دبلوماسية معها، وذلك فى إطار حرص مصر على رغبة أبناء الجنوب فى أن تكون لهم دولة مستقلة خاصة بهم ومنفصلة عن الشمال، واستمرت العلاقة القوية بين مصر والسودان سواء الشمال أو الجنوب، بل وتم تطويرها وتنميتها لتبقى مصر كما كانت دائما مساندة للشعب السودانى شماله وحنوبه. وشهدت العلاقات المصرية مع دولة الجنوب تطورا كبيرا فى أعقاب استقلالها، بدأت بمشاركة وفد مصرى رفيع المستوى فى احتفالات إعلان الدولة الذى أقيم فى جوبا، وأعلن الوفد المصرى خلال الاحتفال حرص مصر على تعزيز العلاقات ودعمها مع الأشقاء فى الجنوب. وفى إطار دعم مصر لدولة جنوب السودان، أرسلت مصر أكبر قوة لقوات حفظ السلام الدولية بجنوب السودان، حرصا على دعم استقرار الدولة، كما شاركت مصر فى تطوير المشروعات ودعم التنمية فى دولة الجنوب، فقامت بوضع حجر الأساس لجامعة الإسكندرية فى الجنوب، ومنحت أبناء الجنوب منحا دراسية سنوية بالجامعات المصرية، كما أقامت عيادة طبية بولاية جوباالجنوبية، بالإضافة إلى البدء فى تطهير مياة النيل، والذى يعد شريان الحياة لجميع دول حوض النيل، والرابط بين دولة الجنوب ومصر، من أجل الملاحة والمشاريع المشتركة فى مجال المياه. وفى نفس الوقت سعت مصر إلى زيادة دعمها لدولة جنوب السودان فى مجالات التعليم والصحة والمشروعات الخدمية والبنية التحتية، والتعاون المشترك فى كافة المجالات. وكان الرئيس عبد الفتاح السيسى قد التقى سيلفا كير رئيس جمهورية جنوب السودان خلال الدورة ال69 للجمعية العامة للأمم المتحدة فى سبتمبر من العام الماضى 2014، أعرب خلاله سيلفا كير عن امتنانه للدور المصرى الداعم لبلاده فى جميع المجالات، ومعربا عن تطلعه لاستمرار دعم مصر لهم. ولم تتوقف الزيارات المتبادلة بين دولة جنوب السودان ومصر منذ استقلالها، وكان منها زيارات وزراء جنوب السودان فى مجالات التجارة والصناعة الاستثمار لمصر، من أجل زيادة الاستثمارات المصرية فى الجنوب ,والإنتهاء من اقامة محطة كهرباء فى يانبيو، أما آخر الزيارات فكانت لسامح شكرى وزير الخارجية فى سبتمبر من العام الحالى لحضور الإحتفال بعيد الإستقلال، وإلتقى بالرئيس سيلفا كير لدعم العلاقات الثنائية بين البلدين. وكانت مصر قد نظمت مؤتمرا فى شهر فبراير من العام الحالى لعرض دراسات إقامة سد متعدد الأغراض فى جنوب السودان، من أجل توليد الكهرباء وتوفير مياه الشرب لأكثر من 500 ألف نسمة فى إطار دعم مصر لدولة الجنوب. إن العلاقات بين مصر وجنوب السودان تعود إلى تاريخ طويل منذ عشرات السنين، عندما كانت أعداد من أبناء جنوب السودان يأتون لتلقى تعليمهم فى جامعات مصر، وأن هذه العلاقات تتطور وتزداد عمقا على مر الأيام، فى ظل رغبة الشعبين القوية فى تطوير العلا قات بين البلدين.