هناك عدة أدلة علي تورط الاخوان في عمليات الارهاب التي تحدث في مصر حاليا أولها ما كشفته الأجهزة الأمنية أخيرا من ترتيب الاخوان لعمليات ارهابية تنفيذا لمخططات وضعها التنظيم الدولي للإخوان، ومنها أن منور حسن أمير الجماعة الإسلامية بباكستان, عقد اجتماعا مع قيادات إخوانية علي هامش اجتماع التنظيم الدولي للإخوان في لاهور أخيرا, للاتفاق علي خطوات التصعيد ضد الشرطة و الجيش المصري باستهداف مديريات الأمن ومراكز التدريب وأقسام الشرطة والمواقع العسكرية واستهداف الكنائس كما حدث مع كنيسة العذراء بالوراق, كما وضع التنظيم الدولي خطة العصيان المدني تزامنا مع فعاليات25 يناير المقبل, علي أن ينفذها الإخوان وأنصارهم, بداية من الأول من ديسمبر2013, تشمل أعمالا تخريبية من بينها وقف حركة وسائل المواصلات وتعطيل المترو بالقاهرة والجيزة, والمشاركة في تعطيل المصالح الحكومية وقطع الطرق بين المحافظات وتعطيل الدراسة بالجامعات وافشال عقد الامتحانات بالجامعات ونقل المعارك إلي عدد من المحافظات كالإسماعيلية والإسكندرية والغربية والشرقية والدقهلية وبعض الأماكن السياحية. كما كشفت التحقيقات التي أجريت مع محمد الظواهري عقب القبض عليه وتحقيقات المحاولة الفاشلة لاغتيال وزير الداخلية اللواء محمد إبراهيم حقيقة العلاقة السرية بين تنظيم القاعدة والتنظيمات التكفيرية وجماعة الإخوان, وان ما قام به مرسي بالإفراج عن عدد من المعتقلين علي ذمة قضايا متعلقة بالإرهاب والسماح لإرهابيين آخرين بالعودة إلي مصر دون ملاحقتهم أمنيا, كان في إطار صفقة حدثت بين الاخوان وتنظيمي القاعدة والجهاد, وإنشاء بنية تحتية لها بمنطقة سيناء وليبيا, وعزز من قدرات هذه الجماعات الأرهابية النشاط الملموس الذي قام به محمد الظواهري شقيق أيمن الظواهري زعيم تنظيم القاعدة الحالي الذي ارتبط بصلة قرابة مع أحد كبار موظفي القصر الرئاسي في عهد محمد مرسي, حيث تم تكليف أحد قيادات تنظيم الجهاد بالخارج بالتمركز في الأراضي الليبية لإنشاء معسكرات تدريب علي عمليات ارهابية ممولة من الإخوان, بهدف إثارة الفوضي وفرض حالة من عدم الاستقرار بعد عزل مرسي ومعاقبة الشعب المصري المؤيد لخارطة الطريق. كما كشفت تحقيقات قضية سجن وادي النطرون وكذلك ضبط أحد كتائب عناصرالقسام وعدد من أفراد حماس الذين تم تقديمهم إلي المحاكمة أخيرا العلاقة الوثيقة بين الإخوان وبعض المليشيات الموجودة في غزة مثل كتائب القسام وحماس والتي ثبتت بالدليل القاطع تورطها في أحداث اقتحام السجون عقب25 يناير وأيضا تتعاون الاخوان مع السلفية الجهادية وبعض الجماعات المتطرفة في سيناء مثل جماعة ممتاز دهمش التي تسمي بجند الإسلام وجماعة أنصار بيت المقدس التي تمارس الارهاب في سيناء, حيث أنهم يقومون بعمليات ضد القوات المسلحة والشرطة والأهالي غير التابعين لهم ويقومون بتفجير خط أنابيب الغاز.