بعد القرار الذي انتهت إليه اللجنة التي شكلها د.حسام كامل رئيس جامعة القاهرة، بتقسيم مبني المكتبة التراثية، تواجه المكتبة أزمة تتمثل في حبس مجموعة نادرة من المخطوطات في غرفة مغلقة بالشمع الأحمر لمدة أربع سنوات، بعيدة تماما عن الظروف الصحية الملائمة للمخطوطات، واقتطاع جزء من المبني لعمل متحف لعرض هذه المخطوطات ، وهذا بعيد عن الوظيفة الأساسية للمكتبة، واستغلال قاعات الإطلاع لعمل مكاتب لأعضاء هيئة التدريس وموظفي الأقسام .. وكان رئيس الجامعة قد شكل لجنة برئاسته ضمت : د.حسين خالد، نائبه للدراسات العليا، د. أحمد زايد، د.محمود المناوي (أستاذ النساء والتوليد بطب القاهرة، وقررت اللجنة (لدينا صور من هذه القرارات) ما يأتي، منح كلية الآداب مساحات تشمل قاعات الإطلاع ودور البدروم واقتطاع مكان يكفي لانشاء متحف لجامعة القاهرة ، يشرف عليه د. محمود المناوي استاذ النساء والتوليد، وقد لاحظنا أثناء الجولة الثانية لأخبار الأدب داخل المكتبة وجود قاعة مغلقة بالشمع الأحمر وبالسؤال عن محتوي هذه الغرفة المغلقة، وسبب إغلاقها، قيل.. لنا أن بداخلها مخطوطات ثمينة وبرديات ذات قيمة تاريخية كبرفي ومقتنيات أخري، وان اغلاقها قد تم منذ اكثر من أربع سنوات، بناءً علي امر صدر من الدكتور محمود المناوي. وبسؤال المختصين في المخطوطات والبرديات وقال د.عبدالستار الحلوجي استاذ الوثائق والمكتبات بكلية الآداب بالجامعة.. ان هذا نوع من العبث ، وتخزين المخطوطات والبرديات له قواعد وأصول حتي لاتتلفها الآفات والحشرات والبكتريا، وإذا كان غلق الأبواب علي المخطوطات وحبسها في غرف مغلقة من أجل الحفاظ عليها لعمل متحف، فإنه لاقيمة للكتاب في مكتبة لايستخدمه الجمهور ، وان المكتبة ليست متحقاً للعرض، واتفق د. محمد صابر عرب، رئيس مجلس ادارة دار الكتب والوثائق القومية مع الدكتور عبدالستار الحلوجي في خطورة تخزين المخطوطات والبرديات في حجرة مغلقة لسنوات، مشيراً إلي ان هذه المقنيات التراثية في حاجة إلي بيئة صحية، فضلا عن عمل دراسات عليها اسبوعياً وقياس درجة تلوث البيئة المحفوظة فيها، لحمياتها ، كما يجب ان يتم ترميمها بشكل دوري، مع التأكد من انها محفوظة في بيئة مناخية وصحية مناسبة ، كما اتفق د. عبدالناصر حسن ، رئيس الادارة المركزية لدار الكتب في ان الاجراء القائم الآن في مكتبة جامعة القاهرة يعد جرما وهو تصرف خاطيء، لأن وضع هذه المخطوطات بهذا الشكل يضرها وقد يؤدي إلي تدميرها تماما، وأن من وضعها بهذا الشكل ليس علي علم بطريقة ترميم وحفظ المخطوطات ووضعها حتي علي الارفف للحفاظ علي سلامة الاخبار بها. ولخص د. حشمت قاسم، استاذ الوثائق والمكتبات بكلية الآداب بالجامعة الحالة التي تتعرض لها المكتبة التراثية بجامة القاهرة بقوله: نحن نواجه مأساة حقيقية بالنسبة لموقف ادارة الجامعة من المكتبة، المسألة لاتقتصر علي المخطوطات، والخطأ في طريقة التعامل معها بتخزينها في غرفة مغلقة، بالشمع الأحمر، فما يحدث يتنافي كلية مع هذا المبني العريق بكل ما يمثله من قيمة حضارية وجمالية ومهنية ووظيفية، وقد أجمع مجموعة من أعضاء هيئة التدريس بكلية الآداب أن مشكلة المكان التي تعاني منها كلية الآداب لايمكن حلها بالقضاء علي هذا الصرح التاريخي، ولكن عن طريق نقل مخزون مكتبه.. كلية الآداب الواقعة حاليا بالدور الأرضي من الملحق الجديد، ونقل هذا المخزون إلي المكتبة المركزية، التي تتسع له ولأضعافه، واستغلال المكان الحالي لمكتبة كلية الاداب والتي تزيد مساحته علي نصف الدور الأرضي، في التوسعة المطلوبة للأساتذة.