رغم الصيت الذي تستحوذ عليه مدارس المتفوقين الا ان الواقع يرصد العديد من المشاكل سواء في الدراسة او تنسيق الجامعات ..حيث كشفت مصادر داخل وزارة التربية والتعليم ان نتيجة الثانوية العامة المتعلقة بمدارس stemكشفت عن ازمة كبيرة حيث ان 56 % فقط من طلاب المتفوقين stem اجتازوا امتحانات الدور الأول بنجاح للعام الدراسي الجاري 2017/2018 ، وهو مايشير الي ان 44% من الطلاب المتفوقين علميا مصيرهم اما الرسوب او البقاء للدور الثاني..وهو ما يؤكد علي وجود خلل في العملية التعليمية بتلك المدارس . وقالت المصادر ان وزارة التعليم دائما ما تتفاخر بنوعية تلك المدارس stem و تسعي إلى نشرها على نطاق واسع وبدلًا من وجود 9 مدارس فقط، تسعى الوزارة إلى أن يكون هناك مدرسة على الأقل في كل محافظة، إلا أن نتيجة المدارس هذا العام تدعو إلى دراسة الوضع لمعرفة أسباب إخفاق الطلاب وتحولهم من طلاب متفوقين علميا إلى طلاب راسبين أو باقين للدور الثاني.