نظراً لأن سرقة المتاحف تكررت كثيراً أثناء تبعيتها للجهات الإدارية بوزارة الثقافة فقد قرر فاروق حسنى دعوة إحدى الجهات السيادية لتشكيل لجان أمنية فى محاولة جادة للحد من حوادث السرقة، حيث أثبتت الوقائع أن عمليات تأمين المتاحف لم تمنع اللصوص من اختراقها أو العبث بالمقتنيات الأثرية فيها. ففى فترة سابقة سرقت 38 قطعة ذهبية تعود للعصرين «البيزنطى والرومانى» من المتحف المصرى، المؤمّن بأحدث الأنظمة، وتم اكتشاف سرقتها عام 2004. وقد كشف تقرير لجنة تقصى الحقائق التى شكلت حول اختفاء هذه القطع الأثرية عن أن عمليات الجرد فشلت فى التوصل إلى مكان القطع، وكذلك واقعة عرض لوحة أثرية مصرية للبيع بأمريكا والتى اكتشفت سرقتها مع تسع لوحات أخرى من معبد بهبيت بالغربية وما يدعو للغرابة أن هذه اللوحات قد سرقت بطريقة تكاد تكون مشابهة إلى حد كبير للطريقة التى سرقت بها لوحة زهرة الخشخاش وهى النشر بمنشار حديدى. وأشارت التحقيقات فى هذا الصدد إلى أنه لم يتم التوصل إلى باقى اللوحات وتم عمل «نشرة حمراء» بالقطع التسع المسروقة هذا بالإضافة إلى واقعة سرقة 206 قطع أثرية استخرجتها بعثة أثرية بولندية من منطقة «مارينا بالعلمين» على مدى سبع سنوات من مخازن تابعة لهيئة الآثار، ولم يعرف أحد مصير هذه القطع الأثرية التى سرقت من مارينا. وفى عام 2005 اختفت ثلاث قطع أثرية من المتحف المصرى، تعود للدولة القديمة ولم تحل إجراءات الأمن المشددة دون اختفائها وكانت هذه القطع قد أرسلت من مخازن الجيزة، للمشاركة فى الاحتفال بيوم التراث العالمى وهى عبارة عن تمثالين من الحجر الجيرى أولهما: لرجل جالس بارتفاع 23.2 سنتيمتر، والثانى: لزوج وزوجته بارتفاع 35 سنتيمترا، أما القطعة الثالثة فهى صندوق خشبى بدون غطاء وبداخله تمثال ازوريرى عرضه 40 سنتيمترا، ووزن كل قطعة يزيد على 15 كيلوجراماً.. وكان قد سرقهم عامل بشركة المقاولات المسند إليها أعمال الترميمات والتطوير ببدروم المتحف. ولا تخلو حوادث سرقة الأعمال الفنية والأثرية من الغرابة مثلما حدث مع تمثال عبدالفتاح باشا أحد أعمال الفنان «محمد حسن»، النادرة حيث تم اكتشاف اختفاء القطعة رقم 974 من متحف الفن الحديث، وفى اليوم نفسه اتصل مجهول بالمتحف وطلب عشرة آلاف جنيه لرد التمثال مرة أخرى وقد تمت السرقة، على الرغم من الإعلان عن تطوير متحف الفن الحديث أكثر من مرة. وحادثة أخرى غريبة، وهى سرقة مخزن آثار بالكامل فى منطقة سقارة الأثرية عن طريق حفر نفق يؤدى إلى داخل المخازن مباشرة، وكان المخططون مجموعة من اللصوص المصريين وشركائهم من الأجانب، وتم سرقة كمية كبيرة من الآثار، وقد استطاع هؤلاء اللصوص تهريب هذه الآثار إلى لندن وذهب لص إنجليزى بلوحة من المسروقات إلى قسم المصريات بالمتحف البريطانى وهناك اكتشفوا أنها مسروقة من مخازن سقارة وأعادت قوات الأمن البريطانية القطع المسروقة لمصر ولولا هذه الواقعة ما اكتشفت الواقعة. من ناحية أخرى أكدت وزارة الثقافة أنها تعمل حالياً على إخلاء متحف محمود خليل بالكامل لتسليمه لشركة المقاولون العرب لتطويره حيث كان من المقرر - بحسب الوزارة - تسليم المتحف منذ أبريل 2009 إلا أن «المقاولون» تأخرت فى الاستلام. وأضاف المتحدث الرسمى لوزارة الثقافة أن إغلاق المتحف لم يكن بغرض الخوف من السرقة، كما ردد البعض ولكن لتطويره، وأن غلق المتاحف يكون مؤقتا لتنظيم الزيارات، وتشديد إجراءات التأمين.. وهذا ما حدث فى متاحف الجزيرة والنوبة ومحمود مختار لحين إتمام الصيانة الكاملة بها. وأشار إلى أن الوزارة تعمل حالياً على إصلاح كاميرات المراقبة وأجهزة الإنذار بالمتاحف الفنية عن طريق لجنة مُشكّلة من إحدى الجهات السيادية لمراجعة أجهزة الأمان بالمتاحف وذلك بطلب من وزارة الثقافة لكى تتم عملية التأمين على أعلى المستويات، مضيفاً أن هذه الأعمال لا يمكن أن تتم فى حالة وجود الزوار.. لذا تم منع الزيارات لحين انتهاء أعمال اللجنة.