استنكرت وزارة الأوقاف اتهام الكاتب فاروق جويدة بأن قرار إستبعاد الشيخ مظهر شاهين جاء نتيجة مؤامرة محاكة ضده ، مؤكدة " ويعلم الله أن هذا غير صحيح فوزارة العلماء والدعاة لاتتأمر"، نافية تهمة تعمد إبعاد الشيخ عن ميدان التحرير، ومؤكدة أن قرار فصل الشيخ مظهر شاهين كان قرارا حاسما وعادلا، لما سببه الشيخ من طغيان للسياسة على الدين في خطبه المتكررة. جاء ذلك في بيان أصدره الشيخ سلامة عبد القوى مستشار وزير الأوقاف والمتحدث الرسمي باسم الوزارة، يرد فيه على مقالة للكاتب والشاعر فاروق جويدة نشرت بجريدة الأهرام تحت عنوان "أعيدوا مظهر شاهين".
ووجه البيان قوله للكاتب قائلا: "انك لا تخالفنا الرأى فى أن دور فضيلة الشيخ مظهر الدعوى قد توارى تماما وتفرغ طوال الفترة التى زادت عن العامين لدوره السياسى تاركا المسجد دون إمام ، إلا إذا كنت ترى أن ظروفنا الحالية لا تحتاج الى دور الداعية وهذا ما لا اعتقده لعلمي بتقديركم لدور الدعاة المعتدلين وحاجة المجتمع الشديدة لهم".
وشدد البيان أن أزمة الشيخ مظهر شاهين أظهرت عن خلط كبير بين مظهر شاهين الثائر ودوره الذى لاينكر خلال الثورة وما بعدها وبين مظهر شاهين الإمام والخطيب وما تفرضه وظيفته هذه عليه من واجبات تجاه المصلين ورواد مسجد عمر مكرم ومسئوليته فى تنويرهم وإثراء وعيهم الدينى بحقائق الإسلام وآدابه وتعاليمه الصحيحة التى يحتاجون للتعرف عليها.
وأكد البيان أن تنزيه المسجد ومنبره عن الصراعات السياسية هو مطلب ملح لكافة القوى السياسية، وهو مالم يلتزم به الشيخ مظهر إذ جعل المسجد ساحة للترويج لفكر سياسى معين محولا المصلين ما بين مؤيد لرؤيته ومعارض، مؤكدا "فلابد للوزارة المسئولة عن المساجد والأئمة من موقف يصحح هذا الوضع الخاطىء وإلاكانت مقصرة فى دورها".
وجدد المتحدث باسم الوزارة تأكيده علي أن الوزارة لم توقف مظهر شاهين لمواقفه السياسية أو لهجومه الدائم عليها كما يروج فى وسائل الإعلام بدليل أن الكثيرين من زملاء الشيخ من أئمتنا الأفاضل يعارضوننا ويتظاهرون وينتقدون ولم نتخذ معهم ما اتخذ مع الشيخ مظهر لسبب واضح هو أنهم يلتزمون بمساجدهم ويؤدون رسالتهم الدعوية تجاه المجتمع رغم خلافهم السياسى أو الادارى مع الوزارة.
