أكدت وزارة الأوقاف، أن ما يتردد عن وجود مؤامرة لإبعاد الشيخ مظهر شاهين، عن مسجد عمر مكرم، غير صحيح، مشددة على أنه لا يجوز لوزارة العلماء والدعاة أن تتآمر. وشددت الوزارة، في بياناً لها، علي أن الشيخ مظهر شاهين موظف لديها بدرجة إمام وخطيب, ويحصل على راتبه، ومخصصاته المالية كاملة نظير أداء مقتضيات هذه الوظيفة. وأشارت، إلي أنها لم توقف الشيخ مظهر لمواقفه السياسية أو لهجومه الدائم عليها، وإنما أوقفته بعدما تواري دوره الدعوى تماماً, بعدما تفرغ طوال الفترة التي زادت عن العامين لدوره السياسي تاركاً المسجد دون إمام. وقالت الوزارة، أن أزمة الشيخ مظهر شاهين كشفت عن خلط كبير بين مظهر شاهين الثائر ومظهر شاهين الإمام والخطيب, والذي تفرض عليه وظيفته واجبات تجاه المصلين ورواد مسجد عمر مكرم بجانب مسئوليته في تنويرهم وإثراء وعيهم الديني بحقائق الإسلام وآدابه وتعاليمه الصحيحة التي يحتاجون للتعرف عليها. أضافت الأوقاف، أنه ليس من العدالة أن يستمر هذا الوضع الذي يخالف اللوائح المالية للدولة , ولايليق أبدا بعالم دين يمثل قدوة للمجتمع أن يحصل علي ما لا يستحقه. تابعت: أن تنزيه المسجد ومنبره عن الصراعات السياسية كان مطلب ملح لكافة القوي السياسية, وهذا ما تقوم به الوزارة دون أي تقصير منها.