أكد "مصطفى طلعت الشافعي" مدير مكتب رئيس ديوان الجمهورية السابق، خلال شهادته فى قضية التخابر مع قطر، بأن المراسلات الموجهة للرئاسة، التي تحمل درجة سرية من المفترض ان تدون في "دفتر تسجيل سري" موضحاً بأن محتوى المراسلة يسجل في الدفتر السري أما رقم المراسلة يكون مدون في دفتر الوارد العام العادي الذي يتم تسجيل فيه بيانات اي رسالة واردة للرئاسة. وشدد الشاهد بأن كافة المراسلات سواء سرية أو غيره يجب ان يتم تسجيلها، لأن ذلك "تاريخ مصر" مضيفاً بأن ذلك هو المفروض مبدياً عدم علمه بما كان يتم وقت حكم الرئيس المعزول "محمد مرسي"، مؤكداً بأن مراسلات الرئاسة الموجهة لمدير مكتب رئيس الجمهورية اما المراسلات ذات الطبيعة العسكرية يعرضها مستشار الرئيس العسكري الذي يكون في ذات الوقت قائد قوات الحرس الجمهوري لافتاً الى وجود دفتر لكل جهة عارضة يسجل فيها المراسلات المعروضة على الرئيس . وتواصل شهادة الشاهد بأن المفترض ان يكون هناك "أرشيف سري" لحفظ المراسلات الموجهة للرئاسة ذات درجة "سري للغاية " موضحاً بأن مراسلات هذا النوع من سري للغاية تمس موضوعات خطط مستقبلية للوطن وموضوعات الأمن القومي لذا لا يجب ان يطلع عليها أحد، متابعاً بأن المراسلات الأخرى ذات درجات السرية الأقل يطلع عليها الإدارة المختصة بها. وأشار الشاهد بأن المراسلة ذات طبيعة عسكرية صادرة من أي مؤسسة تابعة للقوات المسلحة يعرضها على رئيس الجمهورية القائد للحرس الجمهوري، وأن الدورة المستندية لهذا النوع من المراسلات هو من يعلمها قائد الحرس. كان الشاهد قد أكد في مستهل شهادته انه أشرف على ديوان رئيس الجمهورية خلال الفترة بين يناير لعام 2000 حتى تقاعده يوم ال21 من يوليو 2013 وان اختصاص عمله هو مساعد رئيس ديوان رئيس الجمهورية في عمله . وأكد الشافعى أن اختصاصاته تتمثل فى الاشراف على الجهات التى يختص رئيس الديوان متابعتها والاشراف عليها، وانه رئيس الديوان يكون مسئول عن تلقى وعرض القوانين ومراجعة الاحكام بواسطة المستشار القانونى للرئيس وبعد ذلك يتم عرضها على رئيس الجمهورية، ويوجد إدارة بالرئاسة بمسمى "تنظيم رئاسة الجمهورية واختصاصات الادارات" موضح بها عمل واختصاصات كل جهاز وإدارة، عدا الحرس الجمهورى لكونه يتبع القوات المسلحة فى التنظيم.
