أوضح أحدث تقارير وزارة الدولة لشئون البيئة التحديات التي تواجه البحيرات الشمالية ومنها بحيرة المنزلة التي تتعرض للتجفيف وتآكل التربة مما أدي لتقلص مساحتها من 750 ألف فدان إلي 100 ألف وتستقبل البحيرة كذلك كميات هائلة من مياه الصرف الصحي والزراعي والصناعي سنويا ويأتي مصرف بحر البقر علي رأس قائمة المصارف والترع التي يلقي فيها حوالي 650 مليون متر مكعب من مياه الصرف الصحي يليه مصرف حادوس الذي يلقي به مليون متر مكعب مخلفات. أما عن بحيرة البرلس فتقلصت مساحتها كذلك من 165 ألف فدان إلي 70 ألف فدان بعد أن تم استقطاع ما يقرب من 60 ألف فدان، وتغطي الحشائش والبوص نحو 25 ألف فدان وارتفعت نسبة الطمي لتكون العديد من الجزر مما يزيد من ارتفاع منسوب البحيرة وإعاقة انسياب المياه المالحة إليها بالإضافة إلي إلقاء أكثر من 30 مليار متر مكعب سنويا بالبحيرة من مياه الصرف الصحي والزراعي وصرف المزارع السمكية القائمة علي الحواف الجنوبية للبحيرة. وأوضح التقرير أن بحيرة ادكو تعاني مخلفات الصرف الصحي والزراعي بالمبيدات الحشرية تصل إلي 2062 مليون متر مكعب من مصارف إدكو والبصيلي والبرسيق وتتلقي كذلك بحيرة مريوط جنوب أكثر من مليون متر مكعب من المخلفات السائلة المحملة بحوالي 260 طنا من المواد الصلبة العالقة يوميا دون معالجة في البحيرة.