تعددت التواريخ التى تحدد البداية الحقيقية لتنظيم الضباط الأحرار.. فيحكى الكاتب الصحفى الراحل محسن محمد فى كتابه(الوثائق السرية لسقوط النظام )، أن العمل السرى والتنظيمات السياسية بالجيش بدأت أثناء الحرب العالمية الثانية، على يد الفريق عزيز المصرى، فنشأت عدة حركات وطنية مهدت للثورة، وهناك شهادات من أعضاء تنظيم الضباط الأحرار لكن تختلف كل شهادة عن الأخرى لكنها موثقة فى مذكراتهم. يذكر صلاح نصر فى مذكراته أنه حتى حرب 48 لم يكن التنظيم تشكل بعد، وعقب انتهاء الحرب، فاتحه عبد الحكيم عامر فى تشكيل التنظيم فانضم إليه. ويوضح الدكتور ثروت عكاشة فى كتابه(مذكراتى بين السياسة والثقافة)،أن الملازم وجيه فاضل هو أول من فكر عام 1939 فى تشكيل منظمة أصدرت منشورات فى القوات المسلحة، وكان اللواء نجيب من القادة المرموقين لاخلاقياته الرفيعة وثقافته الواسعة وشجاعته فى حرب فلسطين مما أهله لرئاسة التنظيم. أنور السادت يقول فى كتابه (أسرار الثورة المصرية)"إن بداية التنظيم كان ليلة 15يناير 1939، فى "منقباد" عندما اجتمع أربعة من صغار ضباط المشاة يحتفلون مع عبدالناصر بعيد ميلاده، وهم السادات وزكريا محيى الدين، وأحمد أنور وجمال.. أما عبد اللطيف بغدادى، فيؤكد أن البداية كانت فى الطيران عام 1940، بمجموعة من أربعة ضباط هم "البغدادى وأحمد سعودى وحسن عزت ووجيه أباظة"، وهناك تنظيم الإخوان داخل الجيش عام 1944. وأكد عبد الناصر فى خطابه عام 1953 أن البداية كانت عقب حادث 4 فبراير1942... أما خالد محيى الدين أبقاه الله، فيؤكد أن التنظيم جاء نتيجة لهزيمة 48 ، وأول خلية كانت مكونة من ناصر وعامر وكمال حسين وخالد محيى الدين. ويرى المؤرخ العسكرى جمال حماد وعضو التنظيم، أن عبد الناصر أسس التنظيم فى سبتمبر 1949 ، ولم يكن التنظيم يفكر فى تغيير نظام الحكم عندما قام بثورة يوليو، لكن تداعيات الأحداث والتفاف الشعب حول الحركة "التى كانت تسعى للسيطرة على قيادة الجيش" إلى ثورة .