على الرغم من التحالف الانتخابى بين حزبى النور السلفى وحزب البناء والتنمية التابع للجماعة الإسلامية، واتفاقهما على انتخاب قائمة واحدة مشتركة، يتصدرها الدكتور محمد الصغير مرشح الجماعة الإسلامية، واتفاق الحزبين أيضا على دعم مرشح الجماعة، فردى عمال، فى سوهاج ناصر عرابى، فإن الحزبين اختلفا بشأن المرشح الفردى، فئات، حيث تدعم الجماعة مرشحها الدكتور أيمن عبد السميع، ويدعم التيار السلفى مرشحه الفردى فئات، الدكتور وليد عبد الإله. الدكتور عصام دربالة، أحد مسؤولى غرفة العمليات المركزية لحزب البناء والتنمية فى سوهاج، قال إن هذا حدث بسبب خطأ فى تفسير الاتفاق الذى تم بيننا فى مقعد الدائرة، واتفق الطرفان على دعم ما يراه مناسبا له، مع بقاء التحالف بيننا كما هو. مسؤول غرفة عمليات الحزب لفت أيضا إلى أن التنسيق بين تحالف النور والإخوان قائم فى عمليات تأمين اللجان. مشيرا إلى أن هناك لجانا مشتركة بين الطرفين للمبيت فى اللجان، لحماية الصناديق الانتخابية، مع التزام الطرفين بميثاق الشرف الانتخابى الذى أبرم بين الفصائل الإسلامية التى تخوض الانتخابات، ولم ترصد غرفة عمليات الحزب أى مخالفات. بينما تقدم حزب البناء والتنمية ببلاغ فى محكمة استئناف سوهاج، اعتراضا على منع القضاة دخول المندوبين إلى اللجان، رغم حصولهم على تصاريح مسبقة، كما تأخر فتح باب الترشح فى بعض اللجان، كما تقدم الحزب ببلاغ ضد نائب الوطنى المنحل أحمد أبو حجى، لقيامه بالاعتماد على القبلية وقيام أنصاره بمنع أى ممثلين لمرشحين آخرين من الوجود أمام اللجان، وقيامهم بعمل دعاية أمام أبواب اللجان الانتخابية. دربالة أشار إلى أن مرشح القائمة التابع للجماعة الدكتور ألهم أبو الحمد بدائرة سوهاج، تم وضع اسمه على رأس قائمة حزب النور، ثم تم استبعاده، وبعدها تم تدارك الخطأ، وقام حزب النور بسوهاج بتقديم اعتذار للجماعة عن هذا اللبث، وقبلت الجماعة الاعتذار تغليبا للمصلحة العامة. وأوضح أن هناك إقبالا شديدا من قبل الناخبين لاختيار المرشحين الإسلاميين فى المحافظات، التى تجرى بها انتخابات المرحلة الثانية.