كتب مكرم محمد أحمد رئيس المجلس الأعلى لتنظيم الإعلام ونقيب الصحفيين الأسبق مقالاً فى جريدة الأهرام تحت عنوان "مخاطر ابراهيم عيسى" فى 26 ديسمبر الماضي، جاء نصه"ربما يكون إبراهيم عيسى نسيجاً فريداً بين أصحاب الرأى والرأى الآخر، لكنه هو إبراهيم عيسى الناقد المتمرد أبداً، الذى يملك الحجة والحجة المضادة مثير دائما للتساؤل، لم يرتح له كثيراً أو قليلاً حكم السادات أو حكم مبارك لانه (ترامبي) النزعة، يحرص دائما على أن يكون خارج المؤسسة وخارج الصندوق وخارج الصورة وخارج كل الأطر، لكنه لم يشكل أبداً ضرراً على أمن مصر واستقرارها". إلا أن الحال سريعاً ما تغير، فلم تمض 6 أشهر على كتابة تلك الكلمات، لينقلب مكرم عليها، متهماً رئيس تحرير جريدة المقال بإثاره الفتنة بين المسلمين والأقباط ونشر جريدته 6 مقالات فى عدد واحد تحرض بين طوائف الشعب وتهدد استقرار الوطن، متقدماً ببلاغ للنائب العام للتحقيق معه ومطالباً نقابة الصحفيين ببحث الشكوى واتخاذ الاجراءات التأديبية اللازمة. فارق شاسع بين الآمرين أظهر مدى التناقض فى مواقف رئيس المجلس الأعلى لتنظيم اللإعلام فى تعامله مع قضية الكاتب الصحفي ابراهيم عيسى، لاسيما فى ظل الأصوات العالية التى خرجت تدافع عن رئيس تحرير جريدة المقال وتطالب رئيس الأعلى للاعلام بسحب بلاغه، بإعتباره نوعاً من اخراس الألسنة المعارضة واسكات لحرية الرآى والتعبير. زكريا: نحاول حل القضية بشكل ودي حاتم زكريا سكرتير عام نقابة الصحفيين علق على الأزمة قائلا:" النقابة تبحث حالياً الخطاب المًرسل من رئيس المجلس الأعلى لتنظيم الاعلام مكرم محمد أحمد ضد الكاتب الصحفي ابراهيم عيسى والاتهامات المًسندة إليه من تحريض صحيفته على الفتنة بين المسلمين والأقباط، مضيفاً أن النقابة تحاول حل الموضوع بشكل ودي ". كامل: كنت أتمنى أن يظل مكرم نقيباً سابقاً لا "مقدم بلاغات" فيما علق محمود كامل، عضو مجلس نقابة الصحفيين، على طلب مكرم محمد أحمد رئيس المجلس الأعلى للإعلام، باتخاذ الإجراءات اللازمة تجاه إبراهيم عيسى، رئيس تحرير جريدة المقال لما تنشره من مقالات تثير الفتنة بين المسلمين والمسيحيين، نظرا لأن ظروف البلاد لا تحتمل مثل هذه المعالجات. وقال كامل على موقع التواصل الاجتماعي "فيس بوك"، "تعلمنا أن نحترم الكبير ، ولكننا تعلمنا أيضا أن الكبير هو من يحترم نفسه ،لذا ، أذكر الأستاذ مكرم محمد أحمد رئيس المجلس الأعلى للإعلام بأنه كان نقيبا للصحفيين في يوم من الأيام، أذكره بأن النقابة لن تصبح أبدا أداة للأمن، أذكره بأنني كنت أتمنى أن يظل نقيبا سابقاً لا “مقدم” بلاغات". وأضاف كامل في نص رسالته الموجه لمكرم :" أذكره بأن دور المجلس الذي يرأسه هو حماية المهنة والعاملين بها وتقويمهم في حالة التجاوز، وأذكره بالعرف النقابي الشهير "النقابة قبل النيابة"، أذكره بمطالبات النقابة على مدار تاريخها للنيابة العامة بتحويل قضايا النشر للجنة التأديب بالنقابة، أذكره بأن صفوت الشريف وهو لم يكن صحفياً ولا نقيباً، لم يجرؤ على فعل مثل هذه السابقة الخطيرة حتى عندما اعتبر مقال عبدالحليم قنديل سبا لمبارك قام بتقديم شكوى للنقابة ولم يلجأ للقضاء، وأذكره بأنه ووفقا لقانون النقابة في حالة لجوئه للإجراءات القضائية ضد زميل صحفي يسقط حقه في اتخاذ أية إجراءات نقابية وبالتالي ليس له حق التقدم بشكوى ضده للنقابة، وأخيرا أذكره بأنه يحمل كارنيه النقابة في جيبه وأوصيه بقراءة قانون النقابة بتمعن". وكان مكرم محمد أحمد نقيب الصحفيين الأسبق قال فى تصريحات ل"التحرير"،أن النائب العام هو الفيصل بينه وبين ما نشره عيسى فى جريدته، وأنه مستعد لمناقشة أي شخص بالحجة والدليل لاثبات صحه موقفه فى القضية.