قضت المحكمة الإدارية العليا، برئاسة المستشار أحمد الشاذلي، برفض طعن الحكومة وتأييد مصرية جزيرتي تيران وصنافير. وقالت المحكمة في حيثيات حكمها إنه على مدار 108 يوما، وفي 7جلسات، المحكمة حسبت مجموعة من المسائل أولها مسألة السيادة، وخلصت المحكمة إلى أن قرار الحكومة قرار إداري وليس سيادي، بالإضافة إلى أن الثورات المتعاقبة لمصر أقرت إلى أن السيادة للشعب، كما رفضت المحكمة المنازعة التي أحيلت للدستورية. وأضافت المحكمة "مصر ليست نقطة في خرائط الكون أو خط رسمه خطاط، إنما من أكبر البلاد وأقدمها حضارة، وجيش مصر حديثا وقديما لم ولن يحتل أرضا ليست تابعة لها، ثبت واستقر في وجدان المحكمة، سيادة مصر مقطوع بها على الجزيرتين، وأن الحكومة لم تقدم وثيقة تثبت سعودية الجزيرتين، ولهذه الأسباب قضت المحكمة برفض الطعن". كانت محكمة القضاء الإداري - في يونيو الماضي - أصدرت حكمًا غير نهائي ببطلان الاتفاقية، ولكن هيئة قضايا الدولة - وهي الجهة الممثلة للحكومة - طعنت على الحكم أمام المحكمتين الدستورية والإدارية العليا، وقدّمت هيئة قضايا الدولة استشكالين لوقف حكم البطلان أيضا.
وعلى مدار عدة جلسات منذ أن بدأت الدائرة الأولى برئاسة المستشار الشاذلى نظر الطعن، استمعت فيها المحكمة إلى مرافعة الممثلين عن هيئة قضايا الدولة دفاعاً عن الاتفاقية مطالبين بقبول الطعن وإلغاء حكم أول درجة، كما استمعت إلى مرافعة عدد من المحامين الصادر لصالحهم الحكم وعلى رأسهم خالد على وعلى أيوب وعصام الإسلامبولى، كما تبادل الطرفان الأوراق والمذكرات، وقدم كلا منهما عشرات الوثائق والمستندات والخرائط التى تؤيد وجهته.والزمت المحكمة الحكومة بالمصاريف خالد على الحكم بات ولا يجوز عرضة على البرلمان والجزر مصرية.
وكان تقرير هيئة مفوضى الدولة – وهو تقرير استشارى غير ملزم- أوصى المحكمة بإصدار حكمها برفض الطعن وتأييد حكم أول درجة، الصادر فى يونيو الماضى. ومنذ الإعلان عن الاتفاقية شهدت عدد من محاكم مصر قضايا تتعلق بالاتفاقية، سواء مجلس الدولة بدرجتيه القضاء الإدارى والإدارية العليا، أو محكمة الأمور المستعجلة، أو المحكمة الدستورية العليا، فإلى جانب حكم القضاء الإدارى ببطلان الاتفاقية والطعن عليه أمام الإدارية العليا التى من قضت برفض الطعن وتأييد مصرية الجزيريتن، أصدرت محكمة القاهرة للأمور المستعجلة حكمًا نهائيًا بتأييد الاتفاقية وبوقف تنفيذ وإلغاء حكم القضاء الإدارى.