رغم جهود وزارة الأوقاف لمقاومة الفكر المتشدد والإرهابى، لا تزال الوزارة تضم عدداً من قيادات جماعة "الإخوان المسلمين" الإرهابية فى عدد من المناصب. يأتى على رأس تلك القيادات فى وزارة «الأوقاف»، رئيس القطاع الدينى بالديوان العام للوزارة، الشيخ «محمد عبد الرازق»، والذى سبق أن أرسل برقية تأييد للرئيس الإخوانى المخلوع «محمد مرسى»، وذلك خلال فترة الدعاية الانتخابية فى انتخابات الرئاسة 2012، وكان «عبد الرازق» وكيلاً لوزارة «الأوقاف» ب«محافظة الأسكندرية» فى حينها، وتم نقله إلى ديوان الوزارة فى عهد «مرسى» عندما كان د. «طلعت عفيفى» وزيرا ل«الأوقاف». وكشف د. «محمد إبراهيم حامد» مدير إدارة ب«مديرية الأوقاف» ب«محافظة الشرقية» أن «الإدارة العامة للبحوث والدعوة»، بها ثلاثة من المعينين بقرار من «عفيفى» فى حينها، هم «عمرو محمد سلام»، «طاهر زيدان» و«محمد صقر الشربينى». وتابع: عندما ألغى د. محمد مختار جمعة وزير «الأوقاف» الحالى قرار المنتدبين ب«الإدارة العامة للبحوث»، لم يتم إلغاء قرار المعينين الذى شمل المحسوبين على «الإخوان» فى وزارة «عفيفى». كما كشف «حامد» أنه تم رفع عدد من المذكرات بشأن القيادات الإخوانية فى «الإدارة العامة للبحوث والدعوة» إلى رئيس «القطاع الدينى» الشيخ «محمد عز الدين» إلا أنه لم يقم برفعها إلى وزير «الأوقاف». هذا ولم يكن د. «محمود شعبان» الأستاذ ب«كلية الدراسات الإسلامية» ب«دسوق»، والذى اكتشف الجميع بمن فيهم «الأوقاف» و«الأزهر الشريف» هو الوحيد الذى يحض على الفكر المتطرف سواء فى «جامعة الأزهر» أو على منابر «الأوقاف»، لكن من الغريب بقاء الشيخ محمد عبدالرزاق وكيل وزارة الأوقاف المحسوب على الإخوان، وعبد القوى سلامه المستشار الإعلامى لوزير الأوقاف الإخوانى الذى حرض على العنف على منصة رابعة رجع للوزارة وقدم طلب إجازة وسافر قطر وتركيا هو مقيد ضمن أئمة الأوقاف وعبد العزيز رجب المشهور فى الوزارة بأنه أذن طلعت عفيفى لانه يتجسس على المكاتب وكان دائما مرافق لعفيفى منذ حملة الانتخابات الرئاسية للرئيس المعزول محمد مرسى ومحمد عوف إمام وخطيب إلي الآن. غير أن هناك العديد من القيادات فى المديريات ومنهم سيد جلال حجاب كان مرشحاً وكيل وزارة الأوقاف بالشرقية وعندما تصدى له الأئمة والمواطنون بالعديد من المظاهرات ضده تم نقله إلى مديرية أوقاف الغربية وعاد إلى الوزارة الآن مفتش عام المساجد، وتقدم محمد شعبان الإخوانى لمسابقة المديرين وصدر له قرار بالتعيين مدير أوقاف بورسعيد واعتمد القرار محمد عبدالزراق وتمنح له الضبطية القضائية وهو قيادى بارز من إخوان بورسعيد، وكان صديقاً حميماً لفوزى الشربينى الذى تم القبض عليه وهو محبوس الآن، ورمضان خليل كان مفتشاً فى عهد الإخوان وعاد إماماً وخطيباً ومازال يجتمع مع شباب الإخوان، حيث كان إمام مسجد تعقد فيه لقاءات الإخوان ومؤتمراتهم وتخرج منه مسيرات للإخوان وأحمد عبد المؤمن كان مدير أوقاف بورسعيد وبعدها تم نقله وكيل وزارة الأوقاف بالإسكندرية إلى الآن. وفى مديرية أوقاف بورسعيد تم تعيين أشرف فهيم أحد قيادات الإخوان الذى كان نفذ حكم ضده بتهمة التحريض على العنف، فتم تعيينه إماما لأحد المساجد بمعاونة حسن فياض الباحث بالمديرية وهو أيضا قيادى إخوانى. بل إن مدير المديرية الشيخ احمد قوطة، كذلك ينتمى لنفس الفكر وكان سببا فى صدور قرار تعيين محمد عبدالرحمن شعبان مديرا بإحدى الإدارات التابعة للمديرية.