فى عهد الخليفة الفاطمى «الفائز بنصر الله»، شُيد المشهد الحسينى سنة 549 هجرية، وأشرف على تشييده الوزير «الصالح طلائع بن رزيك» ليدفن فيه رأس الإمام الحسين بن على بن أبى طالب بعد نقله من عسقلان بفلسطين إلى القاهرة. بالقرب من الأزهر الشريف تم اختيار موقع بناء مسجد «الحسين»، واستخدم فى بنائه الحجر الأحمر على الطراز «الغوطى»، أما المئذنة التى تقع فى الركن الغربى القبلى فهى إسطوانية الشكل ولها دورتان وتنتهى بمخروط مثل الطرز العثمانية، ويوجد للمسجد ثلاثة ابواب من الجهة الغربية وباب من الجهة القبلية وآخر من الجهة البحرية . وداخل المسجد، توجد خمسة صفوف من العقود المحمولة على أعمدة رخامية ومحرابه بنى من قطع صغيرة من القيشانى الملون بدلا من الرخام، وصُنع عام 1303هجرية، وبجانبه منبر من الخشب يجاوره بابان يؤديان إلى المشهد، والثالث يؤدى إلى حجرة الآثار النبوية التى بنيت عام 1311هجرية. والمسجد يُعد قِبلة لمئات الزوار الذين يتوافدون عليه يوميا، لأداء الصلوات وزيارة قبر الإمام الحسين بن على بن أبى طالب رضى الله عنهما، للتقرب إلى الله بزيارة آل بيت النبى محمد صلى الله عليه وسلم.