اعتبر زعيم تنظيم القاعدة أيمن الظواهري، أن الإسلاميين الذين وصلوا إلى السلطة عبر الانتخابات في مصر وتونس، مسؤولون جزئيا عن خسائرهم السياسية الأخيرة، متهما إياهم بأنهم متصالحون جدا مع خصومهم. وفي تسجيل صوتي مدته 16 دقيقة بعنوان "التوحيد في مواجهة الطاغوت" بث الجمعة على مواقع إسلاميين، تحدث الظواهري عن مصر، حيث قال إن السلطات المدعومة من الجيش تقوم بحرب على الإسلام بأمر من الولاياتالمتحدة وإسرائيل. وقال الظواهري في الشريط الذي نقله أيضا موقع سايت الأمريكي المتخصص في متابعة المواقع الإسلامية المتطرفة، إن "الغلظة والقسوة والفظاظة" في تعامل الجيش المصري مع أنصار مرسي "تثبت مدى حقد العسكر العلمانيين المتأمركين وأحلافهم من أعداء الإسلام على كل من ينتسب له"، مشددا على ان "العسكرية العلمانية وأحلافها وأعداء الإسلام يريدون أن يستأصلوا كل من يرفع شعار الإسلام". واعتبر الظواهري ان الصراع بين قوات الامن وانصار مرسي هو "صراع ضد الاسلام، صراع ضد الشريعة، صراع ضد الاقرار بحق المولى سبحانه في التشريع صراع ضد استقلال الامة المسلمة وصراع ضد قيام الخلافة". ودعا الظواهري المصريين المسلمين إلى "أن يتصدوا إلى ما أسماه بالتحالف الأمريكي الإسرائيلي العلماني الصليبي التي تقوده العلمانية العسكرية (...) ليخلصوا مصر من هذه العصابة المجرمة التي قفزت على الحكم بالحديد والنار واستغلت تنازل بعض الفئات في لهثها وراء سراب التوافق الموهوم". واعتبر، أن "المأساة" ذاتها حدثت في تونس حيث وعد حزب النهضة الإسلامي، الأسبوع الماضي باستقالة الحكومة تحت ضغط المعارضة بعد أزمة سياسية طويلة، بدأت إثر اغتيال المعارض اليساري شكري بلعيد في فبراير واستفحلت مع اغتيال المعارض القومي الناصري محمد البراهمي في يوليو 2013. وقال "في تونس تتكرر نفس المأساة، فمنهج التوافق مع اعداء الاسلام على حساب عقائد الاسلام واحكامه وشرائعه يشهد اليوم فشلا ذريعا وسقوطا فظيعا.