رغم ما حققته ثورة 25 يناير، من انجازات على المستوى الجامعى فى انتخاب القيادات، وطرد الحرس الجامعى، بحكم قضائى، وإقرار المرحلة الأولى من زيادة البدل لتحسين أوضاع الأساتذة ماديا، إلا أن أساتذة بالجامعات يرون أن وقائع الاعتداء على استقلال الجامعة مازال يتواصل بعد الثورة، وبخاصة فى حكومة الدكتور هشام قنديل، بداية من إقرار اللائحة الطلابية الجديدة، دون أخذ رأى الطلاب، مرورا بخطاب قنديل إلى الجامعات بعدم الدخول فى مشاريع بحثية أجنبية دون إخطار الجهات الأمنية، وانتهاء بربط صرف بدل الجامعة ضمن المرتب، بتقديم تقرير عن الفصل الدراسى الأول، لمتابعة مؤشرات الأداء داخل الجامعات، مؤكدين «أن الجامعات انتقلت من قبضة نظام مبارك، إلى هيمنة الاخوان المسلمين». وانتقدت الدكتورة بسمات شمس الدين، استاذ بكلية التربية الرياضية بجامعة المنيا، عضو ائتلاف أعضاء هيئة التدريس بالجامعة، ما سمته، بتدخل السلطة التنفيذية المتمثلة فى وزارتى التعليم العالى، والمالية، عن طريق «تقارير الأداء» المرتبطة بصرف البدل، وقالت: «التقارير تعتبر اختراقا لخصوصية الأقسام وتعديا على استقلال الجامعات رغم أن الدستور ينص على الاستقلال»، مشيرة إلى أن تدخلات الجهات التنفيذية فى شئون الجامعة بدأت فى حكومات ما بعد الثورة عبر قرار رئيس الوزراء الأسبق الدكتور عصام شرف، بتعيين أوائل الخريجين دون إعلان الأقسام عن احتياجاتها.
واتفق معها، الدكتور وائل بهجت استاذ بجامعة الاسكندرية، عضو لجنة مؤتمر 31 مارس، فى أن «تقارير الأداء» يخالف القانون، وأشار إلى أن المجلس الأعلى للجامعات لم يهتم بأخذ رأى أعضاء هيئة التدريس فى آلية تطبيقها، قائلا: «المجلس يبلغنا ولا يأخذ رأينا»، مقترحا أن يأخذ الوزير رأى أعضاء هيئة التدريس المتمثلين فى مجالس الأقسام والكليات، فى جميع القرارات، مستدركا: «لم أر فى حياتى أن قام المجلس الأعلى للجامعات بالاعتراض على أى قرار للوزير». وعلى المستوى الطلابى، قال الطالب محمد ناجى، عضو حركة مقاومة بجامعة حلوان، الذى قام برفع دعوى قضائية أمام محكمة القضاء الإدارى ضد إقرار اللائحة الطلابية الجديدة، إن وزير التعليم العالى، تعدى على حق الطلاب فى اقرار اللائحة الطلابية الشهر الماضى دون استفتاء الطلاب عليها. وأضاف ناجى: «الوزير أعطى الحق لاتحاد طلاب مصر الذى وصفه ب«الإخوانى» فى التحدث باسم الطلاب ممثلا عنهم».
وفيما اعتبرت مصادر مسئولة بوزارتى التعليم العالى والبحث العلمى، منشور رئيس مجلس الوزراء الذى يطالب فيه الجهات الحكومية والجامعات بعدم الدخول مع جهات أجنبية فى مشروعات بحثية إلا بعد استطلاع رأى الجهات الأمنية، بأنه «شىء طبيعى للمحافظة على أمن مصر القومى»، رد الدكتور مصطفى كامل السيد، أستاذ العلوم السياسية بكلية الاقتصاد والعلوم السياسية جامعة القاهرة، وقال: هذا الكلام، استمرار للقبضة الأمنية لنظام مبارك على الجامعات ومراكز البحوث»، مؤكدا «عدم حرية الابحاث السياسية والاجتماعية، واعتبر أن هذا الخطاب، نوعا من الهلع، غير المبرر من جماعة الإخوان المسلمين للتحكم فى مشروعات الباحثين المستقلين، ولا يتناسب مع استقلالية الجامعة طبقا للدستور».