أثار رفض مجمع البحوث الإسلامية لكتاب يتناول لمراحل تاريخية مرت بها جماعة الإخوان المسلمين في مصر وبعض الأفكار التي تربط بينهم وبين الرؤساء، بأوامر من جهاز مباحث أمن الدولة، بدعوى أن الفكرة العامة له "قد تحدث بلبلة بين المواطنين"، استنكار حقوقي واسع. ووصفت الشبكة العربية لمعلومات حقوق الإنسان إن "رفض مجمع البحوث الإسلامية منح إبراهيم توفيق صالح الخولاني، الباحث في شؤون الإخوان المسلمين، الموافقة على كتابه (شاهد..على الإخوان)، بالرغم من عدم احتوائه على أي مخالفات دينية، بزعم أن جهاز أمن الدولة اعترضت على الفكرة العامة للكتاب، أمر مثير للاستنكار". وأضافت أن يقوم مجمع البحوث الإسلامية برفض منح باحث الموافقة علي كتابه بحجة أن أمن الدولة اعترضت على الكتاب، موقف مستغرب، مشيرة إلى أنه "ليس ذلك هو الدور المنوط بالمجمع القيام به، حيث إن اختصاص المجمع يتوقف على قياس مدى مخالفة الكتاب لأحكام الشريعة الإسلامية، وهذا أيضاً ليس من الشؤون التي يختص بها جهاز مباحث أمن الدولة". وكان إبراهيم الخولاني، قد توجه في مايو 2010 لإدارة حماية حقوق المؤلف بالجيزة لإثبات ملكيته للكتاب وحماية حقوق الملكية الفكرية الخاصة به، إلا أن المسئولين بالإدارة قالوا له "لا يمكن تسجيل كتابك قبل عرضه على إدارة البحوث والترجمة بمجمع البحوث الإسلامية بمدينة نصر بسبب احتوائه على الكثير من الآيات القرآنية والأحاديث". فتوجه المؤلف على الفور لمقر إدارة البحوث والترجمة وسلم المسئولين نسختين من الكتاب برقم 639 ليوم 13/5/2010 ولم يتلق أي رد منهم إلا بعد 4 شهور كاملة، حيث كان ردهم بأن اللجنة المكلفة بمراجعة الكتاب لم تجد فيه أي مخالفات، وقالت إنه مقبولا إلا أن جهاز مباحث أمن الدولة اعترض على فكرة الكتاب العامة بزعم أنه قد يتسبب في أحداث البلبلة بين المواطنين ورفضوا تسليم المؤلف أي ورقة تثبت عدم موافقتهم على تسجيل الكتاب. وأكدت الشبكة "أن تعسف مجمع البحوث الإسلامية وقيامه بمصادرة ورفض العديد من الكتب، ليس جديدا عليه وبدلا من أن يتراجع المجمع عن تعسفه، إذا به يقوم بتحويل كتاب لجهاز أمن الدولة ويسمح له بالاعتراض على كتاب، ليزيد من سطوة هذه الأجهزة على مجريات الحياة الثقافية والسياسية". وأشارت المنظمة الحقوقية، إلى أن رفض الكتاب، يمثل انتهاكا صارخا لحرية الرأي والتعبير ويحجر على آراء المبدعين والمفكرين ويقيد إبداعاتهم، وتساءلت "ما كل هذا العداء لحرية التعبير!؟".