وقعت الكنائس الأرثوذكسية فى 12فبراير 1988 وثيقة لتوحيد المفاهيم مع الكنيسة الكاثوليكية حول طبيعة المسيح وهو الاختلاف المعروف ب «خلاف خلقدونيه» الذى وقع عام 451 ويعتبر الخلاف الأوسع فى تاريخ المسيحية حول طبيعة المسيح وما إن كانت له طبيعة واحدة أم أن للمسيح طبيعتين «واحدة إنسانية والأخرى إلهية فى جوهر واحد». وبالرغم من أن هذا الخلاف كانت له أبعاد ثقافية وسياسية أكثر منها عقائدية، إلا أنه كان مدخلا لعملية انشقاق واسعة ودموية دفعت مصر فيها بالتحديد من دماء شهدائها الآلاف ثمنا لهذا الخلاف. وقد وصلت وثيقة فبراير 1988 إلى اتفاق على أن خلاف خلقدونيه حدث بسبب اختلاف فهم معانى عدد من المصطلحات ولا ينم عن اختلاف حقيقى فى وجهات النظر الإيمانية، وإن ظلت هناك خلافات أخرى لم يتم الاتفاق عليها. لكن قرارا صدر من المجمع المقدس فى 3/6/1990 بوقف التحاور مع الكنيسة الكاثوليكية لأنها تمارس «الاستلال»، والاستلال هنا هو المصطلح الرسمى الذى استخدمه المجمع ليعبر عن تسلل الكنيسة الكاثوليكة إلى أتباعه «عن طريق الخدمات الاجتماعية وأديرة الراهبات» كما أوصى المجمع فى وقت لاحق بدراسة «الأنشطة التى يقوم بها البروتستانت من تجميع الشباب والفتيان والأطفال الأرثوذكس وإغرائهم بالرحلات ومؤتمرات المصايف» وأضاف: «وقد تلاحظ مشاركة الكاثوليك فيها واتفق على ضرورة مواجهة ذلك من خلال لقاءات ومحاضرات ومؤتمرات تثبيت العقيدة والتربية الكنسية». وعلى صعيد الكنائس الأرثوذكسية فقد اجتمع رؤساء وممثلو الطوائف الأرثوذكسية فى عام 1989 فى دير الأنبا بيشوى بوادى النطرون واتفقوا على توحيد موقفهم من طبيعة المسيح أيضا، واتفقت الكنائس على «رفع المنع والحرمانات» المتبادلة فيما بينها من حيث المبدأ، وتم التأكيد على هذا الاتفاق فى لقاء عقد فى جينيف فى نوفمبر 1993. كما تم توقيع «اتفاقية رعوية» فى 5 أبريل 2001 بين الكنيسة القبطية الأرثوذكسية وكنيسة «الروم الأرثوذكس» يعترف خلالها كل طرف بصحة الطقوس التى يمارسها الآخر، لكن اعترافا كاملا أو إلغاء نهائيا للحرمانات بين الكنائس لم ينجز حتى الآن.