قال تقرير لمركز معلومات مجلس الوزراء، أن شركة مصر للطيران لا تزال ملتزمة بالأسعار المحددة لتذاكر الطيران للرحلات الداخلية للأقصر وأسوان وشرم الشيخ والغردقة، ضمن مبادرة "مصر في قلوبنا"، بعد ما تردد عن ارتفاع أسعار التذاكر بقيمة 1200 جنيه على التذكرة الواحدة. وأكد التقرير أن الشركة لم تفرض أسعار جديدة للرحلات الداخلية، حيث تبنت هذه المبادرة في المواسم الصيفية والشتوية بتقديم أسعار أقل من سعر التكلفة بهدف تشجيع السياحة الداخلية. ورد التقرير عن ما يتردد حول تقاعس شركة مصر للطيران عن تنفيذ بنود تعاقدها مع شركات سياحية يابانية موضحاً أنه تم الاتفاق بين شركة مصر للطيران وشركة SPT TOURS على تشغيل سلسلة رحلات لليابان بواقع (24) رحلة بخط سير القاهرة/ أوزاكا/ ناريتا/ الأقصر بطراز بوينج300-777 سعة 340 مقعد على أن يبدأ التشغيل من شهر أكتوبر 2016. وأضاف التقرير أنه تم توقيع العقد بين الطرفين خلال شهر أغسطس 2016 على أن تبدأ الرحلات اعتباراً من شهر أكتوبر 2016 لمدة ستة أشهر إلا أنه، بعد توقيع العقد طلب وكيل شركة SPT TOURS أن يتم التأجيل حتى 19 نوفمبر2016 وتمت الموافقة على طلبه دون تحميله بأية غرامات. وأوضح أن شركة مصر للطيران، واجهت صعوبات وطلبات مبالغ فيها من جانب سلطات الطيران المدني الياباني وعدم موافقتهم على منح مصر للطيران تصاريح الهبوط اللازمة بمطارى أوزاكا وناريتا نتيجة لسابق أعمال شركة SPT TOURS مع الجانب اليابانى ومماطلتهم فى الدفع، ما استوجب التدخل من جانب وكيل شركة مصر للطيران فى اليابان والذى قام بشرح الموقف إلى السلطات اليابانية ثم طلبت شركة مصر للطيران من شركة SPT TOURS بتسوية مشكلاتها المالية المعلقة مع سلطات الطيران المدني الياباني ولكن نتج عن ذلك تباطؤ وتأخر منح السلطات اليابانية لمصر للطيران تصاريح الهبوط اللازمة بمطارى أوزاكا وناريتا حتى تاريخه.