تقوم حاليا لجنة تحقيق من أجهزة وهيئات الرقابة المالية والإدارية في 5 دول عربية هي: مصر والسعودية وسوريا والكويت والمغرب بفحص شكاوي تلقتها بشأن مخالفات مالية وإدارية لمشروع تطوير وتجهيز معهد «وردان».. فضلاً عن المخالفات الواردة حول إجراءات التعيين والترقيات والفصل التعسفي من قبل د.محمد فرغلي رئيس الأكاديمية العربية للعلوم والتكنولوجيا والنقل البحري. ومن المرجح أنه لن يكون هناك تجديد لرئاسة فرغلي للأكاديمية بقرار من المجلس الاقتصادي والاجتماعي للجامعة وذلك في ضوء ما عرضته الأمانة العامة للجامعة العربية والمذكرة التي قدمتها مصر. وقد تلقت الأمانة العامة للجامعة العربية العديد من الشكاوي في حق رئيس الأكاديمية.. والتزاماً بمبدأ الشفافية تقوم بإعلان عمل كل لجنة بعد انتهائها من مهمتها، وتسليم تقريرها وتوصياتها إلي المجلس الاقتصادي والاجتماعي.