كان للصراعات التاريخية وعوامل الزمن والخلافات الدينية دورها في رحيل غالبية اليهود من الأراضي العربية ومصر، حيث تراجع تواجدهم واندثرت آثارهم ومعابدهم، ولم يبق منها إلا القليل هنا وهناك، ولا يزال واحد من أهمها وأقدمها باقيا في القاهرة، يعرف بمعبد ابن عزرا اليهودي. كنيس ابن عزرا هو أحد أكبر وأهم المعابد اليهودية المصرية، والذي كان في الأساس كنيسة تسمى "كنيسة الشماعين"، وقد باعتها الكنيسة الأرثوذكسية عندما مرت بضائقة مالية للطائفة اليهودية، التي حولتها إلى كنيس حمل اسم ابن عزرا نسبة إلى عزرا الكاتب، أحد أجلاء أحبار اليهود، ويعرف المعبد أيضا باسم "معبد الفلسطينيين"، أو "معبد الشوام"، ويعرفه الباحثون واليهود المحدثون ب"معبد الجنيزا" نسبة إلى مجموعة وثائق "الجنيزا" الشهيرة التي وجدت به عام 1890. ويعد المعبد الذي يقع في منطقة الفسطاط "حي مصر القديمة"، هو أقدم معابد القاهرة، وتروي قصص يهودية أن موسى - عليه السلام - كان قد اختار موضعا للصلاة بجوار النيل فيما عرف بعد ذلك بالفسطاط، ولكن وفقا للمؤرخ "المقريزي" فإن المعبد اليهودي كان في الأصل كنيسة مسيحية، وبيعت في عام 882م لليهود في سبيل جمع مبلغ ما من المال، وقد دفع فيه "إبراهام بن عزرا" وقتها مبلغ 20000 دينار، والاستناد لذلك يعود إلى أخبار رويت عن كنيسة باسم "القديس ميخائيل" في نفس البقعة، ولا أثر لها اليوم. كما يشير المؤرخون إلى أن المعبد أعيد بناؤه مرة أخرى، وساءت حالة المبنى كثيرا حتى قررت الطائفة اليهودية هدمه تماما وإعادة بنائه من جديد عام 1890. وترجع أهمية المعبد الدينية عند اليهود بحسب د. وليد البحيري، المتخصص في الآثار الدينية، إلى ما ترويه الطائفة اليهودية عن أن هذه البقعة هي المكان الذي استخدمه نبي الله موسى للصلاة بعد أن أصاب البلاد الطاعون وفقا للقصة المعروفة، لافتا إلى أن هناك قصص أخرى تروى عن أن النبي إيليا كان قد تجلى للمصلين هناك أكثر من مرة، كما أن المعبد يحوي رفات النبي "إرميا"، فضلا عن قصة مخطوطة التناخ القديمة المعروفة الآن ب"مجلد حلب"، التي كتبها الماسورتي "موشي بن آشير"، وابنه "أهارون" من طائفة اليهود القرائين، وقام بتنقيطها لكي تنطق صحيحا بدون تحريف. ويُقال إن هذه النسخة هي التي تم بها ضبط وتنقيح نسخ التناخ الحالية، ما أكسب كنيس ابن عزرا أهمية خاصة لدى اليهود، مشيرا إلى أن المعبد استخدمه على مر التاريخ غالبية طوائف اليهود في مصر، حيث استخدمه اليهود العراقيون، واليهود الشاميون، والأشكناز، والسفرديم، وانتهت به الحال كمعبد لليهود الربانيين، بعد انتقال طائفة اليهود القرائين إلى قاهرة المعز في العصر الفاطمي، وهم الذين يتحدثون العربية كلغتهم الأصلية. ويتكون المعبد من طابقين كباقي المعابد والمحافل اليهودية، الأول يستخدم للمصلين من الرجال والثاني لصلاة السيدات، وينقسم تصميم المعبد إلى ثلاثة أقسام، أكبرهم هو الأوسط الذي تعلوه فتحة الإنارة والتهوية وفي وسطه منصة الوعظ وحولها مقاعد المصلين، والهيكل في الجانب الشرقي، ويحوي تابوت العهد ولفائف التوراة،، ويتكون من ثلاثة أجزاء، الجزء الأوسط هو الأكبر وأمامه شمعدانان عليهما ست شمعات، ينقسمان إلى 3 شمعات على اليمين ومثلهم على اليسار، ومكان واحد خال، حيث يمثل الشمعدان أيام الأسبوع، ونجمة داوود في الوسط وتمثل يوم السبت أو يوم الإجازة عند اليهود، والقبلة في المعبد باتجاه القدس الشريف، وفي خلف المعبد توجد بئر عميقة، يقول اليهود إن أم النبي موسى أخبأته بداخله وهو طفل. وتوضح هبة عماد، مرشدة سياحية بمعبد ابن عزرا، أن أصل المعبد يرجع إلى كنيسة أرثوذكسية تسمى "كنيسة الشماعين"، والتي كان يرجع تاريخها إلى القرن السادس الميلادي، حيث لم يستطع بابا الكنيسة دفع الضرائب المستحقة عليها، فلجأ لليهود الذين طلبوا منه بيع الكنيسة مقابل دفع الضرائب المستحقة عليها، إلا أنهم في النهاية اتفقوا مع البابا على تسديد الضرائب مقابل استخدام الكنيسة لمدة مائة عام، وبعدها تعود إلى الأقباط، لكن اليهود تلاعبوا في الوثيقة، ورفضوا إعادة الكنيسة، وظلت معبدا للطائفة اليهودية. وتشير هبة إلى أن المعبد حاليا للزيارة فقط، ولا يتم به أية طقوس دينية، لافتة إلى أن هناك إقبال كبير على زيارة المعبد من مختلف سياح العالم على اختلاف دياناتهم واتجاهاتهم، لما له من قيمة جمالية وتاريخية وأثرية. وتابعت: المعبد كان سببا في العديد من المشاكل في السنوات الماضية، خاصة عندما نشرت بعض المواقع على شبكة الإنترنت خبر سرقة وثائق سرية كانت محفوظة داخل المعبد واكتشفتها هيئة الآثار عام 1890، حيث قيل إن عصابات إسرائيلية قد قامت بسرقتها، وأن هذا الأمر هو ما يبرر الإجراءات الأمنية المشددة حول المعبد، على عكس كل منطقة مجمع الأديان التي يتواجد بها المعبد اليهودي، موضحة أن تلك المخطوطات كانت تحوي الأخبار السياسية والاقتصادية والحياة الاجتماعية لليهود تحت الحكم الإسلامي العربي في مصر، والعلاقة بينهم وبين فئات أخرى من اليهود في مصر ومدن وبلدان أخرى، وقد كتبت هذه المخطوطات أثناء الحكم الفاطمي، كما اكتشفت أيضا مخطوطات تحتوي على عدد نادر من الترجمات القديمة من التوراة وأجزاء مختلفة من العهد القديم اعتبرت ثروة هامة، لأنها أضيفت إلى باقي مخطوطات الكتاب المقدس التي اكتشفت وكتبت قبل الإسلام.