طالب تيار الاستقلال بحظر تأسيس الأحزاب على أساس مرجعية دينية تكون بمثابة الباب الخلفي لتأسيس أحزاب دينية بالفعل. وحذر بيان التيار الذي أصدره عقب انتهاء مؤتمره اليوم بجمعية الشبان المسلمين عناصر جماعة الإخوان المسلمين التي ترتكب جرائم قتل وتخريب في عدة محافظات، لإجهاض أعظم المكاسب التاريخية التي حققتها الثورة العظمى للشعب المصري 30 يونيو، وهي تحرير مصر من أبشع دكتاتورية التخلف والمتاجرة بالدين وتعميم الفتن الطائفية والمذهبية وتمزيق النسيج الوطني الواحد . وأشار التيار إلى أن الجماعة تحرض على التمييز بين المواطنين وترفض مبدأ المواطنة والتداول السلمي للسلطة ، وأنها أحاطت ذاتها بهالة من التقديس ووضعت نفسها في خدمة المخطط الأمريكي الصهيوني، كما تركت شبة جزيرة سيناء لجماعات إرهابية لكي تقيم فيها إمارتها ويقتلوا جنودنا وضباطنا بين وقت وآخر.