أمر المستشار عبد المجيد محمود النائب العام، بتشكيل ثلاث فرق من أعضاء النيابة العامة؛ لمباشرة التحقيق فى وقت واحد. انتقل الفريق الأول برئاسة المحامى العام الأول إلى مستشفى منفلوط المركزي، للإشراف على مناظرة جثث المجني عليهم وتلقى التقارير الطبية الخاصة بالوفاة والتصريح بدفن جثث المتوفين، وقد تم تسليمها إلى ذويهم عدا اثنين مازالا مجهولين.
أما الفريق الثانى، فقد تكون من أعضاء النيابة برئاسة المحامى العام لنيابة جنوبأسيوط الكلية الذي توجه الى مستشفى أسيوط الجامعي لسؤال المجني عليهم المصابين الذين تسمح حالتهم الصحية بسؤالهم عن معلوماتهم بشان الحادث.
فيما انتقل الفريق الثالث المكون من أعضاء النيابة برئاسة المحامى العام لنيابة شمال أسيوط الكلية، إلى المزلقان مكان الحادث حيث تم إجراء معاينة له ومعاينة للقطار وحطام سيارة الاتوبيس، والانتقال الى محطة سكة حديد الخواتكة وهى المحطة السابقة على المزلقان محل الحادث والتحفظ على سجل سير القطارات وسؤال ناظر المحطة عن معلوماته ويجرى الان استجواب عامل المزلقان المتهم. مواد متعلقة: 1. النائب العام يشكل فريق للتحقيق في ملابسات حادث أسيوط 2. «أشتون» تعزي أسر ضحايا حادث قطار أسيوط 3. «قنديل» يُسلم تعويضات لأهالي المتوفين ومصابي حادث قطار أسيوط