طالب د.محمد إبراهيم وزير الآثار الإدارة الهندسية للقوات المسلحة بإيقاف أعمال الترميم والتدعيم الجارية لمبنى المجمع العلمي، وذلك لعدم مراعاة البعد الأثري للمبنى أثناء التنفيذ باستخدام الخرسانة المسلحة في أعمال الترميم مخالفة بذلك قانون حماية الآثار . صرح د.محمد إبراهيم بأنه طالب أيضا الإدارة الهندسية للقوات المسلحة، بإيفاد وزارة الآثار بمشروع الترميم كاملا لدراسته فنيا من قبل اللجنة الأثرية والفنية المختصة وعرضه على اللجنة الدائمة للآثار الإسلامية والقبطية وفقا للقانون وإبداء الرأي فيه قبل تنفيذه .