بدأ عام2009 بعلاقات متأزمة بين مصر وإيران وصلت إلى انتقادات لاذعة وجهها المسئولون الايرانيون للحكومة المصرية إثر الاجتياح الإسرائيلي لقطاع غزة وعدم فتح مصر معبر رفح لوصول الإمدادات للقطاع، الامر الذي أدى إلى احتجاجات ومظاهرات أمام مكتب رعاية المصالح المصرية في طهران، فيما توترت العلاقة بشكل مستفز بعد اكتشاف الأمن المصري بخلية ما يعرف ب"قضية تنظيم حزب الله في مصر" واستدعاء القائم بمكتب رعاية المصالح الإيرانية بالقاهرة حسين الرجبي وللاحتجاج الرسمي بسبب ما سمته بالتدخل الإيراني في الشأن المصري والعربي. وفي قمة مؤتمر "عدم الانحياز" بشرم الشيخ شهدت نوبة هدوء في العلاقات بين البلدين والبعد عن التشنجات، حيث شهد اجتماع وزراء خارجية عدم الانحياز لقاءً بين وزير الخارجية المصري أحمد أبوالغيط ووزير الخارجية الإيراني منوشهر متكي، تبادل خلاله الوزيران حديثًا قصيرًا عقب وصول متكي إلى قاعة الاجتماعات، وقال المتحدث الرسمي باسم وزارة الخارجية المصرية السفير حسام زكي تعليقا على الحديث: إن المؤتمرات الدولية بشكل عام دائمًا ما تسودها الروح الإيجابية، موضحًا أن العلاقة بين الوزيرين هي علاقة شخصية وإنسانية طيبة ولا ترتبط بالضرورة بوجود خلافات سياسية أو اختلافات في وجهات. وكللت الجهود المبذولة بالهدوء وعودة العلاقات بين البلدين بامتناع مصر عن التصويت لقرار للوكالة الدولية للطاقة الذرية إيران لقيامها بتطوير موقع لتخصيب اليورانيوم بشكل سري، ويطالب القرار إيران بتجميد المشروع فوراً. ويعتبر نهاية عام 2009 مخالفًا لنهاية 2008 في العلاقات الإيرانية المصرية والذي انتهي بلقاء الرئيس مبارك بعلي لاريجاني رئيس البرلمان الإيراني وهو أرفع مسئول يزور مصر منذ سنوات عديدة وبحث الجانبان العلاقات الثنائية والقضايا الإقليمية وعلى رأسها فلسطين والحوثيين بجانب العراق والتدخل الإيراني في الشأن العربي. وكان للزيارة مردود جيد لدي الجانبين ووصفها الخبراء بأنها حركت المياه الراكدة ، خاصة بعد الاتفاقيات العديدة التي وقعها الجانبان في المجال الاقتصادي، وهذا ما أكد عليه لاريجاني عند عودته إلى طهران بأن المباحثات الإيرانية المصرية سببت قلقًا شديدًا للكيان الصهيوني. ولاننسى شهيدة الحجاب مروة الشربيني بعد ترحيب رئيس الجمهورية محمود أحمدي نجاد باقتراح لجنة الثقافة والفنون بمحافظة فارس بتقديم منح دراسية باسم الشهيدة, وكان مقتل الشربيني قد أدى إلى استدعاء السفير الألماني لدى طهران للاحتجاج. وعلى جانب آخر تأزمت العلاقات بين إيران والبحرين بسبب تصريحات إيرانية رأت فيها المنامة مساسًا بسيادتها, فيما تحولت المملكة إلى نقطة تماس جديدة للخلافات الإيرانية العربية، وتضامن زعماء عرب مع البحرين وكان علي أكبر ناطق نوري رئيس التفتيش العام في مكتب مرشد الثورة الإيرانية علي خامنئي r] صرح بأن البحرين هي المحافظة رقم 14 لإيران وكان يحكمها ممثل من طهران مما أدى إلى توتر في العلاقات بين البلدين ألغت على إثرها المنامة صفقة الغاز الإيراني، وكانت هناك تصريحات مشابه صدرت عن مسئول إيراني في 27 يناير من العام نفسه، وطلبت البحرينية السفارة الإيرانية في المنامة بإيضاحات رسمية عن تلك التصريحات. وقد ربط موقع "رجاء نيوز" التصريحات الإيرانية حول البحرين بالجزر الإماراتية الثلاث المتنازع عليها بين طهران وأبوظبي "جزيرة طنب الصغرى وطنب الكبرى وأبو موسى" وحذر مسئولو الجمهورية الإيرانية قبل ذلك دول مجلس التعاون الخليجي بأنه إذا استمروا في مساندتهم لادعاءات الإمارات العربية المتحدة بشأن الجزر الإيرانية, فستحيي إيران أيضا حقها في ملكية البحرين وستتابعه، وذلك بالرغم من عزوف الشاه عنه في عام 1971".