نفى الشيخ خالد الجندي الاتهامات التي توجه اليه بأنه كان قبل ثورة يناير من مؤيدي الرئيس السابق حسني مبارك ونظامه. وأكد الجندي كما جاء في مصراوي ان تلك الاتهامات دأب على ترديدها ما اسماها "بعض المواقع المشبوهة والتى ينتمى بعضها لتيارات متشددة ليشوهوا صورة العلماء الوسطيين ويزرعوا الفتنة بين المسلمين ودعاتهم". وقال في بيان - تلقى مصراوي نسخة منه - ان آخر تلك الاتهامات ما نسبه أحد المواقع إليه من أنه كان يؤيد نظام مبارك على طول الخط، مؤكدا ان هذا زور وبهتان، وان الناس لم تعلم عنه نفاقا ولا تملقا. واشار الجندي - عضو المجلس الأعلى للشئون الإسلامية - الى انه طالب برحيل مبارك قبل تنحيه وان ذلك ثابت فى أرشيف برامجه على قناة أزهرى وكذلك على جريدة الوفد. كما أكد الجندي انه كان ممن شجعوا الثورة الليبية المباركة وأعلن دعمه الكامل لها في اليوم الثانى من أيام الثورة مباشرة. وشدد على انه قلم بشجب ما يفعله نظام القذافى وترحم على شهداء الثورة المصرية والليبية. واختتم الجندي بيانه بالدعاء لثوار ليبيا والأمة الإسلامية بنصر الله ولشهدائهم بالرحمة.