بدأت حكومة العسكر فرض إجراءات حظر التجول بدون إعلان رسمي أو إخطار المواطنين بذلك بزعم مواجهة وباء كورونا، وأعلنت أوقاف الانقلاب عن غلق المساجد وتعليق صلاة الجمعة، كما أعلنت الكنائس المصرية تعليق أنشطتها وإلغاء القداس. فيما قررت حكومة العسكر غلق المتاحف والمواقع الأثرية، ووقف العمل بكثير من الهيئات والمؤسسات . جاء ذلك بعد تعليق الدراسة وإلغاء الامتحانات وإغلاق المقاهي والمطاعم والأسواق الشعبية والمراكز التجارية، ومراكز الدروس الخصوصية في كل محافظات الجمهورية. كانت حكومة العسكر قد نفت فرض حظر التجوال بسبب فيروس كورونا حتى نهاية مارس. وأصدر المركز الإعلامي التابع لمجلس وزراء الانقلاب بيانًا، زعم فيه أنه لا صحة لفرض حظر التجوال، مؤكدًا أنه لن يتم فرضه على أية محافظة. كما زعم أنه لا صحة لوجود نقص بالمخزون الاستراتيجي من السلع الأساسية والاستراتيجية، وادّعى أن المخزون مطمئن ومتوافر بشكل كافٍ لعدة أشهر قادمة، ولا يوجد أي نقص بأَسّرة مستشفيات العزل الصحي. فى المقابل حذَّر السفير الفرنسي بالقاهرة من تدهور الوضع في دولة العسكر قريبا، وطالب بضرورة الاستعداد من الآن . وقال السفير الفرنسي، عبر فيديو تم بثه على تويتر، إن دولة العسكر ستُعزل عن بقية العالم مثل دول عدة في هذه المحنة، محذرا من أن الوضع سيكون صعبًا جدًا في الأسابيع القادمة. وطالب سلطات العسكر بضرورة الاستعداد من الآن لهذا الظرف. وقف الصلاة بالمساجد وعلى عكس تصريحات حكومة الانقلاب، قررت وزارة الأوقاف بحكومة الانقلاب تعطيل صلاة الجماعة والجمعة بمساجد الجمهورية وتعديل الأذان بدءًا من صلاة عصر السبت ولمدة أسبوعين، وذلك بعد أيام من قرار الدكتور أحمد الطيب، شيخ الأزهر، إيقاف صلاة الجماعة والجمعة مؤقتا بالجامع الأزهر، بسبب الحرص على سلامة المصلين ولمدة أسبوعين، لحين وقف انتشار الوباء، وانطلاقا من القاعدة الشرعية صحة الأبدان مقدمة على صحة العبادات. وأشارت هيئة كبار العلماء بالأزهر إلى مشروعيَّة تعطيل صلاة الجمعة والجماعات وإيقافهما؛ تلافيًا لانتشار الوباء، بما روي في الصحيحين: «أن عَبْدَ اللهِ بْنَ عَبَّاسٍ قال لِمُؤَذِّنِهِ فِي يَوْمٍ مَطِيرٍ: إِذَا قُلْتَ: أَشْهَدُ أَنَّ مُحَمَّدًا رَسُولُ اللهِ، فَلاَ تَقُلْ حَيّ عَلَى الصَّلاَةِ، قُلْ: صَلُّوا فِي بُيُوتِكُمْ، فَكَأَنَّ النَّاسَ اسْتَنْكَرُوا، قَالَ: فَعَلَهُ مَنْ هُوَ خَيْرٌ مِنِّي، إِنَّ الْجُمُعَةَ عَزْمَةٌ، وَإِنِّي كَرِهْتُ أَنْ أُحْرِجَكُمْ، فَتَمْشُونَ فِي الطِّينِ وَالدَّحَضِ». وأضافت الهيئة أن خطر الفيروس أعظم من مشقَّة الذهاب للصلاة مع المطر، فالترخُّص بترك صلاة الجمعة في المساجد عند حلول الوباء، ووقوعه أمر شرعي ومُسلَّم به عقلًا وفقهًا، والبديل الشرعي عنها أربع ركعات ظهرًا في البيوت، أو في أي مكان غير مزدحم، لافتة إلى أن الخوف الآن حاصلٌ بسبب سرعة انتشار الفيروس، وقوَّة فتكه، وعدم الوصول إلى علاج ناجع له حتى الآن، ومن ثَمَّ فالمسلمُ معذورٌ في التخلُّف عن الجمعة أو الجماعة. كما شددت هيئة كبار العلماء بالأزهر على أنه يجوز شرعًا لدولة العسكر متى رأت أن التجمُّع لأداء صلاة الجمعة أو الجماعة سوف يُؤدِّي إلى انتشار هذا الفيروس الخطير أن تُوقفهما مؤقتًا. كما سبق أن قررت وزارة أوقاف الانقلاب إغلاق مسجد السيدة زينب بالكامل لحين عودة الدراسة بالمدارس والجامعات.