في مارس 2001، دمر عناصر حركة طالبان التي أنشأها وقادها "الملا محمد عمر" تماثيل بوذا باميان، بواسطة الديناميت خلال عِدة أسابيع على مراحل، ونقلت صحيفة "ذي تايمز" البريطانية عن الملا عمر، بعد الواقعة بأيام، قوله "يجب أن يكون المسلمون فخورين بتحطيم الأصنام، ويجب حَمد الله أننا قد دمرناها لهم". بعد هذه الواقعة أعلن أسامة بن لادن، زعيم تنظيم القاعدة في أفغانستان، مبايعته للملا عمر خليفة للمسلمين وأميرًا للمؤمنين، والذي أتاح له اللجوء إلى أفغانستان عندما كان ملاحقًا من قبل الولاياتالمتحدة بتهمة الإرهاب، وأشاد بن لادن ب"القرارات الإسلامية العظيمة التي اتخذها الملا عمر وآخرها قرار تحطيم الأصنام"، كما طلب من الأئمة إصدار الفتاوى في شرعية إمارة افغانستان، التي تسيطر حركة طالبان على معظم أراضيها منذ 1996. وعاش أسامة بن لادن في أفغانستان مع أفراد تنظيم القاعدة، وأسسوا معسكرات تدريب تحت غطاء حركة طالبان، وبعد تفجير سفارات الولاياتالمتحدة 1998 في إفريقيا، أطلق الجيش الأمريكي مجموعة صواريخ كروز على هذه المعسكرات التدريبية. وأصدر مجلس الأمن القرارات 1267 و1333 في 1999 و2000 بحق حكومة طالبان تحوي عقوبات اقتصادية وتهديدات عسكرية لحث طالبان على تسليم بن لادن إلى محاكمة دولية بتهمة ضلوعه في تفجيرات السفارتين الأمريكيتين في إفريقيا في أغسطس 1998 ومطالبة طالبان بإغلاق معسكرات التدريب الإرهابية ومعسكرات تدريب الأطفال الإرهابية. وفي يوم الثلاثاء 11 سبتمبر عام 2001، وبحسب الرواية الأمريكية، نفذ 19 شخصا على صلة بتنظيم القاعدة هجمات باستعمال طائرات مدنية مختطفة، انقسم منفذو العملية إلى أربعة مجاميع ضمت كل منها شخصا تلقى دروسا في معاهد الملاحة الجوية الأمريكية، وتم تنفيذ الهجوم عن طريق اختطاف طائرات نقل مدني تجارية، ومن ثم توجيهها لتصطدم بأهداف محددة، وتمت أول هجمة حوالي الساعة 8:46 صباحا بتوقيت نيويورك، إذ اصطدمت إحدى الطائرات المخطوفة بالبرج الشمالي من مركز التجارة العالمي، وبعدها بدقائق في حوالي الساعة 9:03 اصطدمت طائرة أخرى بالبرج الجنوبي، وبعد ما يزيد على نصف الساعة، اصطدمت طائرة ثالثة بمبنى البنتاجون، فيما كان من المفترض أن تصطدم الطائرة الرابعة بهدف رابع، لكنها تحطمت قبل الوصول للهدف. حدثت تغييرات كبيرة في السياسة الأمريكية عقب هذه الأحداث، التي سقط نتيجتها 2973 قتيلا، و24 مفقودا، إضافة إلى آلاف الجرحى والمصابين بأمراض جراء استنشاق دخان الحرائق والأبخرة السامة، وأعُلنت الحرب على الإرهاب. وشنت الولاياتالمتحدة بالتعاون مع بريطانيا حربا على أفغانستان في 7 أكتوبر عام 2001، في رد فعل على هجمات 11 سبتمبر، والهدف المعلن لهذه الحرب كان اعتقال زعيم تنظيم القاعدة أسامة بن لادن، وقادة آخرون في التنظيم لهم مناصب رفيعة وجلبهم للمحاكمة، ومن الأهداف أيضا تدمير تنظيم القاعدة كليا وإقصاء نظام طالبان الذي كان يدعم ويعطي الملاذ الآمن للقاعدة، وأعلنت الولاياتالمتحدة تحت قيادة الرئيس جورج بوش، أنها لن تفرق بين المنظمات الإرهابية والدول أو الحكومات التي تؤوي أو تدعم هذه المنظمات. وبعد الهجوم العسكري الأول، تم إبعاد "طالبان" عن السلطة، لكن قوات "طالبان" استعادت قوتها بعد ذلك، فيما لم تحقق الحرب النجاح المتوقع والمطلوب، ولم يتم تحقيق الهدف الأهم بتدمير أو تقييد تحركات تنظيم القاعدة، ومنذ ذلك الوقت تشهد أفغانستان استقرارا معدوما وهجمات متزايدة من حركات التمرد بقيادة طالبان، وانتشرت في أفغانستان إنتاج وترويج المخدرات بشكل كبير، في ظل عدم سيطرة الحكومة على الأوضاع خارج العاصمة كابل، وما زالت تلك الحرب مستمرة.