أطاح وزير الأوقاف، الدكتورمحمد مختار جمعة، ب 4 قيادات إخوانية من الوزارة بموجب القرار الوزاري رقم 4 لسنة 2014 باعتبار الجماعة تنظيما إرهابيا، وهم كل من الدكتور سعيد رضوان، مدير أوقاف الشرقية، والشيخ عبدالفتاح فرج، مدير المساجد الحكومية، والشيخ علي أبوخضير قرني، مدير مديرية أوقاف أسوان، والدكتور أيمن الشيمي، مدير شؤون القرآن بالوزارة. وقرر وزير الأوقاف تعيين الشيخ يوسف محمد علي بدر، مديرا عاما لشؤون القرآن بالوزارة، والذي كان يشغلها في وزارة الدكتور محمد حمدي زقزوق، إلى أن أطاح به الدكتور طلعت عفيفي، الوزير الإخواني السابق، وذلك خلفا للدكتور أيمن الشيمي، والذي قرر الوزير رجوعه إماما بالشرقية. وفي نفس القرار تم تعيين الشيخ محمد عيد كيلاني، مديرا عاما للمساجد الحكومية، خلفا للشيخ عبدالفتاح فرج، والذي قرر الوزير رجوعه إماما بمديرية أوقاف كفرالشيخ. كما شمل القرار أيضا الدكتور سعيد رضوان، مدير عام مديرية أوقاف الشرقية، حيث قرر وزير الأوقاف رجوعه إلى إمام وخطيب. وقرر الوزير أيضا تحويل مدير مديرية أوقاف أسوان، الشيخ علي أبو خضير قرني، لإمام وخطيب بالمديرية، ونقل الشيخ ابراهيم الغنام، مدير الإرشاد الديني، إلى كبير أئمة بالقليوبية، وهو غير محسوب على الإخوان.