أكدت صحيفة "هاآرتس" الإسرائيلية وجود خلافات بين الرئيس المصري محمد مرسي ورئيس المجلس العسكري المشير محمد طنطاوي، حول الاستعانة بقيادات حركة حماس في قطاع غزة للقضاء على الإرهاب في سيناء. حيث يرغب مرسي في الاستعانة بحماس للسيطرة على المنظمات الموجودة فيها، بينما يرى طنطاوي أن حماس هي سبب هذه المشكلة. وجاء في تقرير لمحلل الصحيفة للشؤون العربية، تسفي برئيل، أن الخلاف الكبير بين مرسي ووزير دفاعه طنطاوي ظهر في طريقة وأسلوب فرض السيطرة الأمنية المصرية على سيناء. ففي حين يعتقد مرسي أن حماس ستستخدم تأثيرها على بعض المنظمات العاملة في سيناء عبر ممارسة الضغوط على "أنصار" هذه المنظمات في قطاع غزة، يرى طنطاوي أن حماس جزء من المشكلة، ويعارض قبولها كشريك ناجع وفعال في المعركة على شبه جزيرة سيناء. وأكد برئيل، نقلا عن مصادر مصرية، أن المشير طنطاوي "كبَّل أيدي" مرسي، عندما أعلن عن إغلاق معبر رفح لأجل غير مسمى، خاصة وأنه لم يمض أكثر من أسبوعين على إعلان مرسي تمديد ساعات العمل في المعبر، ونيته تسهيل إجراءات دخول الفلسطينيين وتحركاتهم في الاتجاهين. كما يرى برئيل أن إقامة خيمة عزاء في قطاع غزة وتعزية خالد مشعل هاتفيا للرئيس المصري لم تنجح في إقناع طنطاوي، الذي يشكك في قدرة حماس على فرض سيطرتها على المنظمات العاملة من وفي قطاع غزة، وذلك على عكس الموقف الإسرائيلي، كما أنه لا يزال مقتنعا بأن ضعف حماس ساهم كثيرا في ظهور منظمات مسلحة انفصالية، وأجبرها على إقامة علاقة توافقية ومتساهلة معها. ولفت المحلل الإسرائيلي إلى أن جماعة الإخوان المسلمين في مصر تعارض موقف طنطاوي، وترى أن سياسة الرئيس السابق حسني مبارك بالتعاون معه هي السبب وراء إقصاء بدو سيناء، وأنها مهدت الطريق أمام ظهور "جيوب الإرهاب". وأضاف برئيل أنه رغم محاولات الرئيس مرسي تمييز نفسه عن سياسة النظام السابق، لكنه يجد نفسه حاليا في موقف صعب جدا. فبينما يحاول التعامل مع سياسة وضغوط الجيش المصري، أعلن المرشد العام لجماعة الإخوان محمد بديع أنه يتوجب على الحكومة المصرية طلب تعديل اتفاقيات كامب ديفيد، بما يسمح للجيش المصري بنشر قواته في مناطق حساسة، ويمكن مصر من فرض سيطرتها على كامل سيناء. وتساءل المحلل الإسرائيلي عن كيفية إجراء هذا التعديل، إذ إن الرئيس مرسي لا يزال يُحجم عن التنسيق السياسي أو الأمني مع إسرائيل، الأمر الذي دفعه إلى الامتناع عن تعين وزير خارجية إخواني. كما أن الجيش المصري لا يمتلك حلولا سحرية لهذه المشكلة الرئيسية، حيث إنه لا يملك معلومات تفصيلية عن أماكن وأنشطة هذه المنظمات، التي توصف عموما بأنها تنتمي "للجهاد العالمي" أو تنظيم القاعدة، الأمر الذي يضع صعوبات كبيرة أمامه في حربه ضدها. وبحسب المحلل الإسرائيلي فإن قيادات حماس تحاول إقناع الرئيس مرسي بامتلاكها القدرة على التعاون، على الأقل في المجال الاستخباراتي، وهذا ما عرضه هنية ومشعل على مرسي وقيادات الإخوان، إلا أن المشير طنطاوي حتى هذه اللحظة لم يبد اهتماما بعرض حماس، التي كانت حتى فترة قريبة تعتمد على تمويل إيراني. واختتم برئيل مقاله بالتأكيد على أن "الخلاف الاستراتيجي بين مرسي وطنطاوي حول دور حماس ستكون له تداعياته على شكل الحرب في سيناء، وعلى السياسة المصرية نفسها، وهو ما يفسر تزايد حدة الانتقادات التي توجهها القوى العلمانية المصرية لأداء وتصرفات مرسي"، متوقعا أن "يؤدي الاعتراف بعدم قدرة الإخوان على حل المشاكل الأمنية في سيناء إلى إضعاف قوتهم في الانتخابات القادمة، وهو ما سيجبر مرسي على استعراض قوته والصميم على موقفه في مواجهة الجيش، في محاولة لإسقاط وزير الدفاع طنطاوي".