استبعد قانونيون أن تحرك النيابة العامة دعوى جنائية ضد الرئيس محمد مرسى وقيادات جماعة الإخوان الذين هربوا من سجن وادى النطرون أثناء ثورة يناير، بعد قرار محكمة مستأنف الإسماعيلية بتحويل القضية إلى النيابة للتحقيق فيها جنائياً، بتهمة الخيانة بعد الاستعانة بعناصر أجنبية من حماس وحزب الله لاقتحام السجون وتهريب المساجين، وذلك لأن النائب العام معين من قبل الرئيس بطريقة غير شرعية. قال الدكتور نور فرحات، الفقية الدستورى، إن هذه الوقائع التى أثبتتها المحكمة فى أسبابها لم تكن معروضة على المحكمة للفصل فيها ولذا أحالتها المحكمة للنيابة العامة لتتخذ فيها شئونها، مؤكداً أنه يشك فى أن النائب العام الذى عينه «مرسى» بالمخالفة للقانون سيحرك ساكناً، مستدلاً بقول الفيلسوف القانونى الألمانى يرنج: «على المواطنين أن يدافعوا عن قانونهم كما يدافع الجنود عن أسوار مدينتهم»، مختتماً تصريحاته بقوله: «الشرعية يحميها الشعب». فيما اعتبر الدكتور إيهاب رمزى أن حكم محكمة مستأنف الإسماعيلية يترتب عليه وبشكل قاطع إعلان أن منصب رئيس الجمهورية أصبح شاغراً بما يترتب عليه انتقال السلطة إلى المحكمة الدستورية العليا، لما تم من توجيه إدانة واضحة إلى رئيس الجمهورية بالتخابر وهى أقصى عقوبة يمكن أن توجه إلى مسئول فى الدولة. وأضاف أن النائب العام ليس له سلطان للتملص من إدانة رئيس الجمهورية والقبض عليه بموجب الاتهامات المنسوبة إليه لأن حكم المحكمة هو تكليف مباشر للنيابة العامة بالتحقيق ولا يملك النائب العام عدم تنفيذ حكم المحكمة. وأكد رمزى أن القانون حدد على وجه الدقة الجهات المستحقة للحصانة وهى الجهات البرلمانية والدبلوماسية والقضائية، أما رئيس الجمهورية والسلطة التنفيذية بأكملها فلا تتمتع بأى حصانة، فالرئيس مثل أى مواطن عادى ولا يوجد ما يعوق قانوناً القبض عليه، خاصة أنه فقد شرعيته على وجه الكمال بموجب هذا الحكم، ووصف الحكم بأنه «انتصار لاستقلال القضاء» حيث سطر قضاة مصر أول حكم على رئيس جمهورية وهو فى المنصب وهو ما يعد «سابقة فى التاريخ الإنسانى» لم تسبقنا إليه أعتى الديمقراطيات حتى عندما حوكم كبار الطغاة أمثال «موسولينى وتشاوشيسكو» حيث تم ذلك وهم خارج مناصبهم ليكون الدكتور مرسى أول رئيس يقبض عليه وهو فى منصبه. وقال الدكتور عماد الفقى، أستاذ القانون الجنائى، إن ما نسبته المحكمة ل«مرسى» وقيادات تنظيم الإخوان جريمة جنائية، تستوجب التحقيق فيها من قبل النيابة العامة سواء بطلب التحريات أو سماع الشهود أو المتهمين أنفسهم، وعلى ضوء ذلك التحقيق سوف تتخذ قرارها سواء بإحالتهم جميعاً أو بعضهم إلى المحكمة المختصة أو حفظها بمبدأ ألا وجه لإقامة الدعوى الجنائية ضدهم. وأضاف الفقى أن النيابة ملزمة بالتحقيق فى القضية لأن قرار المحكمة بمثابة بلاغ لها، ولكنها غير ملزمة بالسير فى نفس اتجاه المحكمة فى توجيه تهمة الخيانة إلى المتهمين، مؤكداً أن الحكم له قيمة من الناحية الأدبية فقط، لكن قانوناً لا يتم اتخاذ أى إجراء إلا بمعرفة النيابة العامة لأنها هى المختصة دون غيرها طبقاً لنص المادة الأولى من قانون الإجراءات الجنائية.