انطلقت فكرة إقامة بطولة لكأس السوبر المصرى للمرة الأولى عام 2001، وكان من المفترض أن تجمع النسخة الأولى الزمالك بطل الدورى موسم 2000-2001 مع الأهلى بطل كأس مصر عن نفس الموسم. لكن اتحاد الكرة دخل فى صدام عنيف مع الأهلى بإصراره على إقامة المباراة بعد 48 ساعة فقط على عودة الأهلى من كوت ديفوار، حيث كان يواجه أسيك فى دورى أبطال إفريقيا. وحاول مسئولو الأهلى تأجيل المباراة ليومين وسط رفض اتحاد الكرة، ليقرر الأهلى عدم خوض المباراة ويشارك غزل المحلة وصيف الكأس بدلا منه. وحسم الزمالك اللقب الأول بفوزه على الفلاحين 2-1، وسجل حسام حسن هدف الفوز فى الوقت الإضافى بعد أن انتهى الوقت الأصلى بالتعادل بهدف لكل فريق، سجل للزمالك حازم إمام وللمحلة محمد العتراوى. النسخة الثانية شهدت أزمة من نوع آخر، حيث رفض الإسماعيلى بطل الدورى 2001-2002 خوض المباراة أمام الزمالك بطل الكأس فى القاهرة، مطالبًا بإقامتها على أرض بطل الدورى وانسحب الإسماعيلى، فيما رفض كل من الأهلى (ثانى الدورى) والمحلة (الرابع) دعوة اتحاد الكرة، ليستقر الحال على المقاولون العرب خامس الدورى. ومرة أخرى احتاج الزمالك للوقت الإضافى ليفوز بهدف وحيد سجله أسامة نبيه ليحقق الفريق الأبيض لقبه الثانى. الأهلى والزمالك التقيا لأول مرة فى النسخة الثالثة عام 2003 على ملعب الكلية الحربية، ودخل الأهلى اللقاء بقيادة مدربه الجديد وقتها البرتغالى تونى أوليفيرا فيما كان البرازيلى كارلوس كابرال على رأس الجهاز الفنى للزمالك، الذى كان مرشحًا بقوة لحسم اللقب بعد أن خطف الدورى من الأهلى فى الأسبوع الأخير. المباراة انتهت بالتعادل السلبى ليلجأ الفريقان لركلات الترجيح، وفيها سجل ياسر رضوان ووائل رياض وجيلبرتو للأهلى، فيما سجل سامح يوسف للزمالك الذى أضاع له طارق السعيد وحسام حسن (مدرب الزمالك الحالى) ومحمد صديق ليحقق الأهلى اللقب الأول له فى البطولة على حساب غريمه الأزلى.
وفى عام 2004 كانت الغلبة للمقاولون العرب بطل الكأس على حساب الزمالك وبنتيجة هى الأكبر فى تاريخ البطولة، بعد أن قاد حسن شحاتة فريق الدرجة الثانية وقتها للفوز على الزمالك 4-2. سجل للمقاولون تامر عادل (هدفان) وطلعت محرم وأيمن زين، بينما سجل مدحت عبد الهادى ثنائية الزمالك. نسخة 2005 جمعت الأهلى بطل الدورى وإنبى بطل الكأس، ومرة أخرى حسمت المباراة فى الوقت الإضافى لصالح الأهلى بفضل هدف وائل جمعة. الفريق الأحمر احتفظ بلقبه فى 2006 حين واجه إنبى مرة أخرى ولكن بصفته ثالث الدورى، حيث كان الأهلى جمع البطولتين، وعاقب اتحاد الكرة الزمالك وصيف الدورى والكأس بحرمانه من المشاركة بسبب رفض لاعبيه تسلم ميداليات نهائى كأس مصر. وسجل محمد أبو تريكة هدف المباراة الوحيد فى آخر دقيقة ليفوز الأهلى بلقبه الثالث. فى 2007 جمع الأهلى البطولتين مرة أخرى، ورفض الزمالك المشاركة ليحل الإسماعيلى ثالث الدورى بديلاً له، وبعد نهاية الوقت الأصلى بالتعادل 1-1 (سجل محمد حمص للإسماعيلى وشادى محمد للأهلى) حسم الفرسان الحمر لقبهم الرابع فى كأس السوبر بالفوز 4-2 بركلات الترجيح. القمة الثانية فى كأس السوبر كانت فى النسخة الثامنة عام 2008، وهذه المرة كان الزمالك هو الذى يدخلها بمدرب جديد هو الألمانى راينر هولمان مدرب الأهلى الأسبق، فيما كان البرتغالى مانويل جوزيه مدربًا للأهلى. والطريف أن المباراة كانت الثانية بين الفريقين فى أسبوع واحد بعد أن التقيا قبلها فى افتتاح مباريات دورى المجموعات فى دورى أبطال إفريقيا وفاز الأهلى 2-1. وبعد شوط أول سلبى نجح أحمد حسن فى تسجيل الهدف الأول للأهلى فى أول دقيقة من الشوط الثانى، وفى الدقيقة 90 سدد معتز إينو كرة قوية اخترقت شباك عبد الواحد السيد ليحسم الأهلى المباراة بهدفين دون رد. وكانت آخر نسخة لكأس السوبر فى 2012 وشهدت شدًا وجذبًا بسبب رفض رابطة أولتراس أهلاوى لإقامة المباراة، وتضامن معها أبو تريكة ليرفض المشاركة فى اللقاء الذى جمع الأهلى بإنبى فى برج العرب. الأهلى فاز 2-1 بهدفى عبد الله السعيد ومحمد ناجى جدو، فيما سجل محمد شعبان لإنبى ليحصد لقبه السابع فى البطولة. وبعد ست سنوات تعود القمة للظهور مرة أخرى فى كأس السوبر، وهذه المرة يدخلها الأهلى بقيادة فنية إسبانية عبر خوان كارلوس جاريدو، فيما يقود الزمالك حسام حسن. فهل يواصل الأهلى تفوقه على الزمالك فى السوبر، أم يعرف الفريق الأبيض فوزه الأول على غريمه الأحمر؟ فى المجمل أقيمت كأس السوبر 11 مرة، حقق الأهلى سبعة ألقاب مقابل لقبين للزمالك، ولقب لكل من المقاولون العرب وحرس الحدود.