يعود نشأة الكلدان الكاثوليك إلي النصف الثانى من القرن التاسع عشر عندما هاجرت عائلات كلدانية من بلدان مختلفة شرق أوسطية للاستيطان فى مصر، وفى سنة 1890 كان تعداد الكلدان في مصر لا يقل عن مائة وخمسين أسرة تضم 600 شخصاً، تعود جذورهم إلى العراق وتركيا وإيران. وعُين بطريرك الكلدان راعياً لأبناء كنيسته فى مصر أول نائب بطريركى له، هو الخورى أسقف بطرس عيد. وفى عام 1891، تبرعت سيدة من أصل عراقى هى هيلانة عبدالمسيح بقطعة أرض فضاء فى حى الفجالة، لبناء كنيسة لأبناء الطائفة باسم القديس أنطونيوس الكبير، ووضع حجر الأساس لها فى عام 1891. فى سنة 1950، كان عدد الكلدان الكاثوليك فى مصر قد وصل إلى 1200 شخص، فتم بناء كنيسة جديدة باسم العذراء فى مصر الجديدة بحى سانت فاتيما، فانتقل مقر النيابة البطريركية من الفجالة إليها. وفى 6 إبريل 1993 منح البابا يوحنا بولس الثانى بابا الفاتيكان الأسبق لقب "بازيليك" للبطريرك الحالى الكاردينال مارعمانوئيل الثالث بطريرك بابل على الكلدان، ويتولى أعماله بالقاهرة المطران يوسف صراف، الذى ولد بالقاهرة فى 1940 وانتخبه السنودس البطريكى فى 1984أسقفا لإيبارشية القاهرة خلفا للمطران أفرام.