أكد الدكتور محمد إبراهيم وزير الدولة لشئون الآثار أنه لم تتم إعادة أية مبالغ مالية إلى الخزانة العامة للدولة حيث إن الوزارة تعتمد على التمويل الذاتي في مشروعاتها وأنها لم تتلق أية مبالغ من ميزانية الدولة حتى تطالب برد الفائض منها. جاء ذلك ردا على ما نشر في بعض وسائل الإعلام من قيام الوزارة برد مبلغ 75 مليون جنيه إلى خزانة الدولة. وأشار إلى أنه يلتزم ببنود اتفاقية تمويل إنشاء مشروع المتحف القومي للحضارة المصرية بين صندوق إنقاذ آثار النوبة وقطاع التمويل المعتمدة من وزير الثقافة ورئيس المجلس الأعلى للآثار الأسبق. وأضاف أن مسألة تعذر صرف النسبة المقررة على قطاع التمويل في المشروع كانت نظرا لتوقف النشاط السياحي والذي ترتب عليه قلة الموارد المالية لقطاع التمويل وهي ديون مستحقة على قطاع التمويل يقوم بسدادها فور توافر الموارد المالية, حيث إن الاتفاقية ملزمة للصندوق وقطاع التمويل وأن عدم تسديد النسب المقررة على قطاع التمويل يخالف القوانين المالية المنظمة. كما أكد الدكتور محمد إبراهيم أنه ليس للوزارة دخل في تأخر صرف المستحقات المالية لشركات المقاولات حيث إن ذلك بسبب الظروف القهرية التي تعرض لها المشروع والتي قام بحلها وشكل لجان فنية ومالية لحل جميع معوقات المشروع. وأضاف أنه قد خصص مكتبا بالمشروع لحل جميع المعوقات كما قام بتشكيل لجان لدفع سير العمل بالاختيارات الأثرية والعرض المتحفي وإنشاء مراكز الترميم والبحوث والطباعة والنشر والانتهاء من المخازن والاستفادة من إمكانيات المشروع المختلفة على أكمل وجه. وتقوم الوزارة حاليا بدراسة لإيجاد حلول لتمويل المرحلة الثالثة من المشروع نظرا للظروف التي تمر بها البلاد حاليا وتوقف النشاط السياحي الذي أدي إلي تأخر طرح المرحلة الثالثة من المشروع.