رحبت الجبهة الحرة للتغيير السلمي بنتيجة الانتخابات وإعلان الدكتور "محمد مرسي" أول رئيس للجمهورية بعد ثورة 25 يناير، واحترامها لإرادة الجماهير. وتقدمت الجبهة بالتهنئة للمرشد العام لجماعة الاخوان المسلمين، مضيفةانه ما كان لمرسى أن يكون رئيسًا بدون دعم مكتب الإرشاد. وأكدت الجبهة أنها لن تبرح مكانها في مقعد المعارضة، وسيكون شعارها للرئيس الجديد، "إذا أحسنت أطعناك وإن أسأت قومناك". وقالت:"لن تقبل ب"دولة المرشد"، فمعركتنا القادمة هي الدفاع عن الدولة المدنية، ومن هنا فنطالب الرئيس الجديد "محمد مرسي" بأن يكون رئيسًا لكل المصريين، وعليه أن يترك رئاسة حزب الحرية والعدالة، ويكون في حل من مبايعته للمرشد العام للاخوان". وأضافت الجبهة:"نتمنى ياسيادة الرئيس أن نرى أثر انتقادك للرئيس السابق في سلوكك، فما كان محل انتقاد منه عليك تركه، وما كان مطلوبًا منه عليك تحقيقه". وتابعت:"لن نقبل بك ياسيادة الرئيس إلا رئيسًا كامل الصلاحيات، معبرًا عن الثورة، ممسكًا بيد الجميع لإعادة بناء مصر، غير مقصيًا لفريق بعينه أو تيار ما حتى لو عارضك، ونتمنى أن تلقي القسم الجمهوري في ميدان التحرير أمام الجماهير وليس أمام من ليس له الحق سواء كان المجلس الأعلى للقوات المسلحة أو المحكمة الدستورية". كما طالبت الجبهة الرئيس بإجراء مصالحة وطنية شاملة لا يقصي فيها أحد، ولا يفضل فيها تيار أوجماعة، فهذه هي أول خطوة في تأسيس دولة العدل ودولة القانون.