يعد من الأسرة الثامنة عشر المصرية، قامت ببناءه الملكة حتشبسوت على الضفة الغربية للنيل، يمتاز بالتصميم المعماري الرائع، مكون من 3 طوابق، نصبت في الطابق الثاني منه تماثيل من الحجر ملونة يدل على جمال المعبد وأناقته. يتميز معبد حتشبسوت في نفس الوقت بأن نجد على جدرانه نقوشا لبعثات بحرية أرسلتها الملكة حتشبسوت إلى بلاد بونت للتجارة واحضار البخور والمر من تلك البلاد، كان الفراعنة يقدمون البخور إلى آلهتهم ليحظوا برضاهم، وقد سجل العديد من فراعنة مصر ذلك في لوحات على معابدهم تبينهم يقدمون القرابين والبخور إلى مختلف الآلهة. كان وادي الدير البحري مخصصا لعبادة هاتور وأمون رع ، بالإضافة إلى ذلك كانت به عبادة حورس وأنوبيس، ويرجع ذلك إلى الأسرة 11 حيث كان فرعون منتوحوتب الثاني أول من استغل تلك المنطقة لبناء مقابر ومعبد لنفسه ولزوجاته وللمقربين إليه من أهل البلاط ، كان ذلك خلال الدولة المصرية الوسطى. وبني في الدولة المصرية الحديثة في عهد حكم الأسرة الثامنة عشر، وأمرت بإنشائه الملكة حتشبسوت، أبنة الملك تحتمس الأول، خلال انتشار المسيحية في مصر بعد نهاية عهد البطالمة، أقام المسيحيون دير للعبادة على أنقاض معبد حتشبسوت، كان الدير يسمى "دير فويبأمون". كان هذا الدير يستخدم في العبادة حتى القرن 11 وقام بزيارته العديد من القساوسة المسيحيين، ثم سميت المنطقة بعد ذلك الدير البحري، وفي الدير البحري توجد عدة معابد مصرية قديمة ومقابر للفراعنة، من ضمنها معبد حتشبسوت، وبجانبه معبد منتوحوتب الثاني وبالقرب منهما معبد تحتمس الثالث وهو معبد صغير لم تتبقى منه إلا آثار بسيطة، سمى المصريون القدماء منطقة معبد حتشبسوت ب "بيت المليون سنة".
