ضمت مديرية أوقاف الإسكندرية 44 مسجدًا من المساجد الأهلية والتي كانت خاضعة لسيطرة جماعة الإخوان والدعوة السلفية، منها 22 مسجدًا تابعة لإدارة أوقاف العامرية وكانت تحت سيطرة الجماعة السلفية، وتسعة مساجد تابعة لإدارة أوقاف برج العرب كانت تُسيطر عليها جماعة أنصار السنة والدعوة السلفية والجمعية الشرعية، و12 مسجدًا بإدارة أوقاف شرق الإسكندرية كانت تسيطر عليها جماعة الإخوان الإرهابية والدعوة السلفية. وقال الشيخ عبدالناصر نسيم وكيل وزارة الأوقاف بالإسكندرية أنه أصدر قرارهُ رقم 306 لسنة 2015 بضم هذه المساجد بدون عمالة ووجه بتدبير أئمة وخطباء ومؤذنين وعمال لهذه المساجد من المساجد الأخرى بمعرفة مديري الإدارات الفرعية وأصبحت هذه المساجد الآن خالية من التشدد وفى قبضة أوقاف الإسكندرية.