ابدى الدكتور أحمد الطيب، شيخ الأزهر، تحفظه على نص المادة الثالثة التى تنص على "احتكام غير المسلمين لشرائعهم"، مطالبًا بأن تكون ممارسة الشعائر وبناء دور العبادة والتشريع قاصرة على أصحاب الديانات السماوية فقط، وموضحا خلال زيارة قام بها وفد من لجنة ال50 برئاسة رئيس اللجنة عمرو موسى، لمكتب شيخ الأزهر اليوم، إن إطلاق "أصحاب الديانات الأخرى" والتى قد تشمل أصحاب الديانات الوضعية، أمر لا تعرفه مصر. وأوضحت مصادر مطلعة أن الطيب اعتراضه لم يأت كتقييد لحرية الاعتقاد وانما الأزهر ينفذ تعاليم الإسلام فى التأكيد على حرية اﻻعتقاد، لافته الى أن الطيب أحال الأمر فى كل ما يتعلق بالدستور إلى ممثلى الأزهر الممثلين فى الجمعية، مؤكدين أنه لا يتدخل من قريب أو بعيد فى أعمال اللجنة.