نشب خلافاً حاداً حول وضع القضاء العسكري في الدستور الجديدو ذلك اثناء اجتماع لجنة السلطة القضائية بالجمعية التأسيسية لوضع الدستور،. كان هذا بعد اقتراح ممثلا القضاء العسكري والمجلس العسكري بالجمعية التأسيسية، بأن يتم ضم القضاء العسكري من الباب الخاص بالقوات المسلحة إلى الباب المتعلق بالسلطة والهيئات القضائية، كضمانة لاستقلاله . حيث رفضت غالبية أعضاء اللجنة هذا الاقتراح، وتمسكوا ببقاء القضاء العسكري بباب القوات المسلحة بعيدا عن القضاء العادي . ومن جانبه قال المستشار نور الدين علي إن المجلس العسكرى يرى أن ضم القضاء العسكري إلى السلطة القضائية يعتبر ضمانة للمواطنين، لأنه سيمنح نفس الضمانات الخاصة بالقضاء العادي، مضيفاً أن البعض يرى أن بقاء القضاء العسكري في باب القوات المسلحة، يجعله تابعا وليس مستقلا، لأنه يخضع للتصديق والرتبة العسكرية، كما انه قضاء له خصوصية لأنه يحاكم نوعية معينة من الأشخاص، ولا يجب تضمينه بالقضاء العادي.