يختص قانون الجمارك الجديد، بوضع آلية تنظم العلاقة بين مصلحة الجمارك والممولين فيما يخص سداد الضريبة الجمركية المحددة على البضائع، ومن ناحية أخرى حدد القانون آلية عمل المخلص الجمركي والجزاءات التأديبية له حال ارتكاب المخالفات. وقد نصت المادة (54) على أن يلتزم المخلص الجمركي بإمساك سجل خاص برقم مسلسل يختم بخاتم المصلحة تقيد به البضائع التي يتولى التخليص عليها، كما يلتزم بتقديمه للمصلحة عند طلبها مراجعته، ويحتفظ بهذا السجل والمستندات المؤيدة لما جاء به لمدة خمس سنوات. ووفقا للمادة (55) يجوز للوزارات والمصالح الحكومية والهيئات العامة ووحدات الإدارة المحلية وغيرها من الأشخاص الاعتبارية العامة وشركات القطاع العام وقطاع الأعمال العام وغيرها من الشركات والسفارات والقنصليات اتخاذ إجراءات التخليص الجمركي علي بضائعها بواسطة العاملين فيها، وذلك بناءً علي تفويض كتابي منها بعد اجتيازهم الدورات التدريبية التي تعدها المصلحة.
خطة النواب تناقش شكاوى مستخلصي الجمارك من منظومة نافذة رئيس شعبة الجمارك: التوجيهات الرئاسية بالإعفاءات الضريبية جرعة منشطة للاقتصاد المصري وأشارت المادة (56) إلى أنه تشكل بالدوائر الجمركية لجان تأديبية تتولى مساءلة المخلصين الجمركيين عن مخالفة أحكام هذا القانون، برئاسة رئيس إدارة مركزية يختاره رئيس المصلحة أو من يفوضه، وعضوية كل من: - مدير عام الشئون القانونية المختص. - مندوب عن المخلصين تختاره شعبة المخلصين المختصة. وتصدر اللجنة قراراتها بأغلبية الآراء ويجب أن تكون مسببة: وتكون الجزاءات التأديبية التي يجوز توقيعها علي الوجه الآتي: - الإنذار. - الإيقاف لمدة لا تزيد على سنة عن المخالفة للمرة الأولى ويضاعف الجزاء في حالة ارتكاب مخالفة أخرى خلال سنتين من تاريخ ارتكاب المخالفة السابقة. - إلغاء الترخيص. ولرئيس المصلحة في حالة ارتكاب أي من المخلصين الجمركيين مخالفات ذات شبهة جنائية أن يوقف الترخيص الممنوح له لحين انتهاء اللجنة من إصدار قرارها. وللمخلص الجمركي التظلم من قرار لجنة التأديب المنصوص عليها بالمادة السابقة خلال ثلاثين يومًا من تاريخ علمه بهذا القرار. وينشأ بالمصلحة لجنة عليا للتظلمات برئاسة رئيس المصلحة وعضوية ممثل عن المصلحة لا يقل مستواه الوظيفي عن رئيس إدارة مركزية ومندوب عن المخلصين تختاره شعبة المخلصين الجمركيين المختصة علي ألا يكون ممن سبق توقيع جزاء تأديبي عليه، وفي جميع الأحوال، يجب ألا يكون من بين أعضاء اللجنة ممن اشترك في اللجنة التي قررت الجزاء المتظلم منه. وتتولى اللجنة البت في التظلمات المقدمة من المخلصين الجمركيين من قرارات لجنة التأديب خلال مدة لا تتجاوز خمسة عشر يومًا من تاريخ تقديم التظلم. وتصدر اللجنة قراراتها مسببة بأغلبية الآراء وتكون واجبة النفاذ.