طالبت نيابة النقض في أولى جلسات نظر الطعون المقدمة من المتهمين في خلية الظواهري بإلغاء جميع الأحكام الصادرة سواء بالإدانة أو البراءة. كانت محكمة جنايات القاهرة، المنعقدة بمعهد أمناء الشرطة بطرة، برئاسة المستشار محمد شيرين فهمي، قضت في 15 أكتوبر 2015، ببراءة المتهم الرئيسي في القضية، محمد ربيع الظواهري، شقيق زعيم تنظيم القاعدة، أيمن الظواهري، وحكمت بإعدام 10، والمؤبد ل 32، والسجن المشدد 15 عاما ل 18 آخرين، وبراءة 16. ونسبت النيابة العامة للمتهمين جرائم تأسيس وتولي وقيادة تنظيم جهادي على غرار تنظيم القاعدة، والتخطيط لتدمير منشآت عامة على رأسها السد العالي، والتخطيط للهجوم على مراكز أمنية تابعة للقوات المسلحة والشرطة، وتدمير دواوين المحافظات والكنائس.