استنكر الدكتور محمد الشحات الجندي، عضو مجمع البحوث الإسلامية، مطالبة الدكتور سيد القمني بإدراج الأزهر مؤسسة إرهابية، مدعيًا أن الرئيس أخطأ بتكليفها بتجديد الخطاب الديني، واصفًا الفتوحات الإسلامية بالاحتلال، مهددًا بأنه "سيقلب الدنيا" لو تعرض للمحاكمة. وقال الجندي ل"صدى البلد"، إن "كلام سيد القمني في شأن الأزهر عار عن الصحة ولا أساس له والمؤسسة الدينية منه براء"، منوها إلى أنه له كثير من التصريحات والإساءات للدين الإسلامي، وتدعو للإرهاب، مؤكدًا أنه يحارب في الاتجاه الخاطئ. وأضاف المفكر الإسلامي أن «القمني» يبحث بآرائه الشاذة عن الأضواء كلما خفتت عنه، فيصدر رأيا لا أساس له من الصحة ويدعي فيه أنه يحرر الدولة فكريًا، وهذا محض افتراء ولا يستند إلى حقيقة دينية أو اجتماعية أو سياسية. وأكد أن الأزهر الشريف أول من حارب الإرهاب فكريًا، فعقد مؤتمر عالميًا العام المنصرم ودعا فيه كافة الأديان لنبذ التطرف والغلو الفكري، مشددًا على أن مناهج الأزهر وسطية وتدعو لتعاليم الإسلام السمحة. وأوضح أن الأزهر أول من هاجم أفكار داعش والجماعات الإرهابية التي تهلك الحرث والنسل، وأكد أن أفعالهم لا علاقة لها بالإسلام، وطالب بإقامة أشد العقوبات عليهم، مصداقاً لقول الله تعالى: «إِنَّمَا جَزَاءُ الَّذِينَ يُحَارِبُونَ اللهَ وَرَسُولَهُ وَيَسْعَوْنَ فِي الْأَرْضِ فَسَادًا أَن يُقَتَّلُوا أَوْ يُصَلَّبُوا أَوْ تُقَطَّعَ أَيْدِيهِمْ وَأَرْجُلُهُم مِّنْ خِلَافٍ أَوْ يُنفَوْا مِنَ الْأَرْضِ ۚ ذَٰلِكَ لَهُمْ خِزْيٌ فِي الدُّنْيَا ۖ وَلَهُمْ فِي الْآخِرَةِ عَذَابٌ عَظِيمٌ» المائدة (33)، متسائلا: "أين الأزهر من الإرهاب، فهو أول من دعا إلى وحدة الصف العربي والإسلامي؟". وعن ادعاء القمنى بأن الرئيس أخطأ بتكليف الأزهر بتجديد الخطاب، نبه عضو مجمع البحوث الإسلامية، على أن الأزهر الوحيد القادر على تجديد الخطاب الديني، فهو صاحب المرجعية وأقدم مؤسسة دينية في العالم ولديه آلاف العلماء. وتهكم على القمني قائلا: "يبدو أنه كان يريد أن يكلفه الرئيس بتجديد الخطاب، لأن الأزهر الشريف لن يسمح بأن تكون أفكار القمنى الهدامة للإسلام موجودة على الساحة ويتأثر بها أصحاب النفوس الضعيفة". وعن تصريح القمنى بأن الفتوحات الإسلامية احتلال، شدد الجندي على أن كلامه تزييف للدين ورسالة الإسلام السمحة وتاريخه، منوهًا إلى أن الإسلام أدى خدمة كبيرة للشعوب التي فتحها فحررها من ظلم الفرس والروم، ولم يجبر أحدًا على اعتناق الدين، مضيفًا: "فالإسلام جاء ليخرج العباد من عبادة العباد إلى عبادة الله رب العباد، ومن ضيق الدنيا إلى سعة الدنيا والآخرة، ومن جور الأديان إلى عدل الإسلام". وعن تهديد القمني: «هقلب الدنيا لو تعرضت للمحاكمة»، أكد الدكتور محمد الشحات الجندي، أن هذا حديث المفلس فكريًا، موجها له رسالة: «فإذا كنت صاحب حجة فلمَ تخشى من أي شيء حتى لو كانت المحاكمة؟ فأنت تعتقد أنك ستغير كتابة التاريخ، فعليك أن تتحلى بالشجاعة إذا كنت متأكدًا مما تقول حقًا وصدقًا».